More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3914 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  88.49 
 
 		 730 aa  1368    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  47.54 
 
 		 753 aa  659    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3914  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 730 aa  1507    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  50.14 
 
 		 747 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  88.9 
 
 		 730 aa  1373    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  88.49 
 
 		 730 aa  1365    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  88.9 
 
 		 730 aa  1373    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  94.12 
 
 		 731 aa  1430    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  93.84 
 
 		 731 aa  1425    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  93.98 
 
 		 731 aa  1428    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  44.07 
 
 		 766 aa  647    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  46.66 
 
 		 749 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  43.96 
 
 		 759 aa  621  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  44.09 
 
 		 759 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  44.92 
 
 		 780 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0198  outer membrane ferric siderophore receptor  45.52 
 
 		 748 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0160883  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1203  outer membrane ferric siderophore receptor  45.8 
 
 		 772 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83325  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1688  TonB-dependent receptor  45.52 
 
 		 748 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1607  TonB-dependent siderophore receptor  45.52 
 
 		 748 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  46.06 
 
 		 763 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  45.03 
 
 		 760 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  46 
 
 		 773 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0894  TonB-dependent siderophore receptor  43.16 
 
 		 747 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  43.33 
 
 		 753 aa  596  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  44.03 
 
 		 768 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4808  TonB-dependent siderophore receptor  43.96 
 
 		 747 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.981163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5475  TonB-dependent siderophore receptor  43.96 
 
 		 747 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.546607  normal  0.0926979 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3559  TonB-dependent siderophore receptor  43.82 
 
 		 747 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4712  TonB-dependent siderophore receptor  42.82 
 
 		 747 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.779821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4190  TonB-dependent siderophore receptor  43.22 
 
 		 747 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3795  TonB-dependent siderophore receptor  45.34 
 
 		 748 aa  591  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  43.39 
 
 		 762 aa  581  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  40.5 
 
 		 776 aa  539  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  42.01 
 
 		 769 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  37.12 
 
 		 826 aa  530  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  39.97 
 
 		 741 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  42.24 
 
 		 724 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  40.9 
 
 		 740 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  41.4 
 
 		 741 aa  504  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  37.65 
 
 		 794 aa  487  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  36.82 
 
 		 751 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2088  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 793 aa  382  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0823412 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3335  TonB-dependent receptor, plug  34.4 
 
 		 794 aa  382  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3969  TonB-dependent siderophore receptor  34.69 
 
 		 793 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  32.42 
 
 		 731 aa  363  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  33.8 
 
 		 765 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3540  putative outer membrane TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 805 aa  354  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0614736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 732 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  33 
 
 		 733 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  32.19 
 
 		 743 aa  339  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1513  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 859 aa  335  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.691941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1314  putative TonB-dependent receptor protein  33.84 
 
 		 843 aa  335  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.711074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  31.57 
 
 		 732 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  32.47 
 
 		 732 aa  327  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0802  TonB-dependent siderophore receptor  31.41 
 
 		 764 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  30.65 
 
 		 777 aa  322  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00772  predicted iron outer membrane transporter  31.3 
 
 		 760 aa  321  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 733 aa  321  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00789  hypothetical protein  31.3 
 
 		 760 aa  321  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0954  catecholate siderophore receptor Fiu  31.18 
 
 		 760 aa  320  7e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.691601  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2837  TonB-dependent siderophore receptor  31.3 
 
 		 760 aa  319  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2838  catecholate siderophore receptor Fiu  31.3 
 
 		 760 aa  319  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.167931 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0860  catecholate siderophore receptor Fiu  31.3 
 
 		 760 aa  319  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0829  catecholate siderophore receptor Fiu  31.18 
 
 		 760 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0873  catecholate siderophore receptor Fiu  31.17 
 
 		 760 aa  318  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  31.68 
 
 		 821 aa  314  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  31.28 
 
 		 753 aa  312  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12330  TonB-dependent siderophore receptor  30.99 
 
 		 769 aa  310  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  32.08 
 
 		 751 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 		 733 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  31.71 
 
 		 742 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  31.71 
 
 		 742 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  31.85 
 
 		 745 aa  307  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1637  catecholate siderophore receptor Fiu  29.08 
 
 		 763 aa  306  8.000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.824429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  31.52 
 
 		 769 aa  305  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  31.7 
 
 		 733 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  31.19 
 
 		 733 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03559  putative outer membrane receptor for iron transport  30.69 
 
 		 761 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143456  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1708  catecholate siderophore receptor Fiu  28.68 
 
 		 779 aa  298  3e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  31.92 
 
 		 734 aa  295  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0576  catecholate siderophore receptor Fiu  30.73 
 
 		 754 aa  291  4e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000714833  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1524  TonB-dependent siderophore receptor  28.93 
 
 		 847 aa  290  4e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2275  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 779 aa  288  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00175316  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0611  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 773 aa  286  8e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000075991  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7102  TonB-dependent siderophore receptor  29.08 
 
 		 790 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0530  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 767 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.898854  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0514  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 768 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400369  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0700  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 785 aa  275  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.241055 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  31.75 
 
 		 734 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  31.01 
 
 		 736 aa  269  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0095  TonB-dependent siderophore receptor  30.06 
 
 		 823 aa  259  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1078  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 748 aa  252  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 		 727 aa  252  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  26.83 
 
 		 719 aa  232  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  26.87 
 
 		 707 aa  231  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  27.39 
 
 		 720 aa  227  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  28.98 
 
 		 792 aa  227  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  28.16 
 
 		 700 aa  226  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  28.17 
 
 		 707 aa  223  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  29.75 
 
 		 710 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>