More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2303 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  96.2 
 
 
770 aa  1412    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
710 aa  1449    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  96.06 
 
 
710 aa  1409    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  47.39 
 
 
792 aa  625  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  49.4 
 
 
707 aa  619  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  47.74 
 
 
694 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  47.31 
 
 
715 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  45 
 
 
719 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  43.81 
 
 
706 aa  548  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  43.81 
 
 
706 aa  548  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  43.15 
 
 
757 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  43.15 
 
 
709 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  44.25 
 
 
695 aa  535  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  33.29 
 
 
732 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  32.59 
 
 
732 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  34.16 
 
 
700 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  31.04 
 
 
745 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 
734 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  31.38 
 
 
727 aa  349  9e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  31.51 
 
 
734 aa  348  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  30.97 
 
 
751 aa  348  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  31.51 
 
 
736 aa  347  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  32.85 
 
 
755 aa  347  5e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  32.32 
 
 
753 aa  347  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 
742 aa  343  8e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 
742 aa  343  8e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  32.45 
 
 
689 aa  342  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  33.53 
 
 
689 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  32.92 
 
 
698 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  32.85 
 
 
771 aa  327  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  33.83 
 
 
719 aa  326  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  33.9 
 
 
724 aa  323  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  33.57 
 
 
724 aa  320  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  33.58 
 
 
705 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.353089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
766 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  31.03 
 
 
753 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  31.13 
 
 
756 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  34.12 
 
 
731 aa  301  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  31.56 
 
 
747 aa  294  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  30.81 
 
 
755 aa  293  8e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  30.26 
 
 
680 aa  288  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  28.8 
 
 
720 aa  280  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  30.85 
 
 
825 aa  280  8e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  30.88 
 
 
769 aa  280  8e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  30.94 
 
 
821 aa  278  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  31.65 
 
 
735 aa  277  4e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  31.72 
 
 
743 aa  276  7e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  30.56 
 
 
825 aa  276  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  31.37 
 
 
780 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  30.87 
 
 
708 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  30.53 
 
 
712 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  31.38 
 
 
773 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  30.68 
 
 
710 aa  272  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
724 aa  271  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  31.79 
 
 
768 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  30.1 
 
 
850 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  32.36 
 
 
760 aa  271  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2558  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 
760 aa  270  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.897783  normal  0.0361628 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 
707 aa  270  5.9999999999999995e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  29.36 
 
 
860 aa  270  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  29.43 
 
 
753 aa  270  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  28.28 
 
 
767 aa  269  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  31.19 
 
 
763 aa  269  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  29.99 
 
 
749 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  30.56 
 
 
703 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  30.65 
 
 
708 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  30.71 
 
 
692 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  32.13 
 
 
697 aa  264  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 
709 aa  264  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  30.78 
 
 
815 aa  264  4.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 
741 aa  263  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  33.1 
 
 
732 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  30.66 
 
 
733 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  30.37 
 
 
696 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 
734 aa  261  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3047  TonB-dependent siderophore receptor  27.36 
 
 
737 aa  261  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773185  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 
777 aa  260  6e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  30.77 
 
 
703 aa  260  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1655  TonB-dependent siderophore receptor  30.9 
 
 
656 aa  260  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  29.64 
 
 
709 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 
738 aa  259  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  30.23 
 
 
696 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  30.03 
 
 
806 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  30.42 
 
 
701 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  30.27 
 
 
706 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  30.55 
 
 
706 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  31.96 
 
 
689 aa  257  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 
710 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  30.46 
 
 
817 aa  258  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  29.33 
 
 
711 aa  257  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  30.05 
 
 
721 aa  257  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
733 aa  256  8e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 
706 aa  256  9e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  31.05 
 
 
701 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  29.79 
 
 
708 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1808  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
739 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  29.09 
 
 
749 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1281  TonB-dependent siderophore receptor  30.23 
 
 
699 aa  255  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 
740 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  30.16 
 
 
726 aa  254  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>