More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0178 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  94.32 
 
 
828 aa  1618    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  93.36 
 
 
828 aa  1601    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  46.76 
 
 
701 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  47.06 
 
 
705 aa  649    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  62.28 
 
 
794 aa  1018    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  75.16 
 
 
797 aa  1249    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
828 aa  1709    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  49.34 
 
 
736 aa  679    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  46.91 
 
 
696 aa  654    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  62.47 
 
 
820 aa  1012    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0404  ferrichrome-iron receptor  45.85 
 
 
696 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000262521 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0458  ferrichrome-iron receptor  45.85 
 
 
696 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000766311 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0416  ferrichrome-iron receptor  45.7 
 
 
696 aa  627  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0398  ferrichrome-iron receptor  45.7 
 
 
698 aa  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0395  ferrichrome-iron receptor  45.55 
 
 
696 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.458077  hitchhiker  0.000000000000143872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  45.05 
 
 
705 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  45.11 
 
 
729 aa  568  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  39.37 
 
 
833 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  39.42 
 
 
797 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  38.93 
 
 
806 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  39.66 
 
 
747 aa  501  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  39.91 
 
 
729 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  37.03 
 
 
806 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  36.87 
 
 
808 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  38.2 
 
 
829 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  39.08 
 
 
729 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  39.24 
 
 
747 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  39.38 
 
 
747 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  35.92 
 
 
810 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  39.33 
 
 
752 aa  487  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  35.8 
 
 
810 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  39.21 
 
 
729 aa  485  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  39.09 
 
 
747 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  35.89 
 
 
810 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  39.09 
 
 
747 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  38.62 
 
 
703 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  38.62 
 
 
703 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  38.62 
 
 
729 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  39.24 
 
 
747 aa  482  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  36.07 
 
 
810 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  39.06 
 
 
745 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  36.7 
 
 
828 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  40.54 
 
 
717 aa  469  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  37.94 
 
 
778 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  35.43 
 
 
802 aa  463  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  39.09 
 
 
747 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  38.78 
 
 
753 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  39.09 
 
 
747 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  38.14 
 
 
735 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  37.76 
 
 
831 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  38.87 
 
 
740 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  36.09 
 
 
797 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  36.83 
 
 
801 aa  445  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  36.63 
 
 
779 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  37.41 
 
 
799 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  38.87 
 
 
750 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  34.48 
 
 
829 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  40.17 
 
 
769 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  35.12 
 
 
808 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  34.76 
 
 
817 aa  428  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7042  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  38.21 
 
 
689 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  34.38 
 
 
821 aa  428  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  37.09 
 
 
789 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3728  TonB-dependent siderophore receptor  37.21 
 
 
733 aa  428  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0317837  normal  0.454435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  37.9 
 
 
714 aa  425  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  35.14 
 
 
723 aa  426  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4121  TonB-dependent siderophore receptor  36.14 
 
 
785 aa  413  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.922703 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4489  TonB-dependent siderophore receptor  36.27 
 
 
785 aa  415  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4798  TonB-dependent siderophore receptor  37.32 
 
 
724 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  36.83 
 
 
748 aa  412  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  34.27 
 
 
791 aa  412  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 
791 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  33.02 
 
 
863 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  37.3 
 
 
771 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  35.17 
 
 
812 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2654  TonB-dependent siderophore receptor  38.54 
 
 
757 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0434213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  36.6 
 
 
784 aa  405  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  33.29 
 
 
819 aa  404  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  34.67 
 
 
713 aa  402  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  36.97 
 
 
745 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  33.17 
 
 
822 aa  399  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  34.3 
 
 
799 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1122  TonB-dependent siderophore receptor  35.94 
 
 
701 aa  398  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625422  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4673  TonB-dependent siderophore receptor  35.76 
 
 
727 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  36.86 
 
 
771 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1474  TonB-dependent siderophore receptor  36.97 
 
 
715 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.052337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  33.54 
 
 
799 aa  392  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2192  ferrioxamine B receptor precursor protein  35.04 
 
 
724 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.411084  decreased coverage  0.00773577 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 
815 aa  389  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  34.99 
 
 
733 aa  386  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  36.92 
 
 
711 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  34.38 
 
 
738 aa  378  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1436  TonB-dependent siderophore receptor  34.98 
 
 
750 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4135  ferrioxamine B receptor precursor protein  35.81 
 
 
726 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156472  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  34.01 
 
 
737 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4066  TonB-dependent siderophore receptor  36.87 
 
 
785 aa  375  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4098  TonB-dependent siderophore receptor  35.07 
 
 
754 aa  376  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  34.26 
 
 
753 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  34.26 
 
 
753 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1826  TonB-dependent siderophore receptor  34.04 
 
 
784 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>