78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3066 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  100 
 
 		 183 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  80.42 
 
 		 189 aa  309  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  73.08 
 
 		 181 aa  270  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  71.43 
 
 		 181 aa  268  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  65.93 
 
 		 187 aa  237  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  61.11 
 
 		 182 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  63.19 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  61.54 
 
 		 177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  60.99 
 
 		 177 aa  208  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  60.99 
 
 		 177 aa  208  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  51.65 
 
 		 181 aa  164  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  46.75 
 
 		 183 aa  140  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  46.67 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  39.02 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  45.24 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  44.89 
 
 		 190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  43.6 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  37.8 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  38.97 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  46.81 
 
 		 196 aa  108  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  37.86 
 
 		 203 aa  107  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  36.79 
 
 		 212 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  36.41 
 
 		 238 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  36.27 
 
 		 204 aa  101  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  39.47 
 
 		 323 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  35.45 
 
 		 187 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1867  chitinase-like protein  38.62 
 
 		 322 aa  97.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  34.98 
 
 		 204 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  35.41 
 
 		 204 aa  93.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  34.63 
 
 		 204 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.13 
 
 		 264 aa  90.9  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  36.46 
 
 		 197 aa  89.4  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  36.46 
 
 		 197 aa  89.4  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.13 
 
 		 264 aa  89  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4775  chitinase-like protein  40.15 
 
 		 259 aa  89.4  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  47.62 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  34.59 
 
 		 197 aa  84.7  7e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  32.09 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1329  Chitinase  31.21 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  34.68 
 
 		 335 aa  65.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  28.92 
 
 		 220 aa  64.3  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  30.46 
 
 		 789 aa  63.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4092  hypothetical protein  31.22 
 
 		 588 aa  63.5  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  32.14 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  30.73 
 
 		 269 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  28.5 
 
 		 776 aa  62  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  35.96 
 
 		 875 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  28.87 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  27.86 
 
 		 1054 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  31.47 
 
 		 964 aa  60.1  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  30.3 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  38.78 
 
 		 743 aa  57  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7196  Chitinase  27.8 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  28.44 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1920  Chitinase  28.32 
 
 		 359 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2021  lytic enzyme  38.82 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.697599 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4405  chitinase  29.12 
 
 		 353 aa  54.7  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  26.5 
 
 		 674 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1434  lytic enzyme  38.82 
 
 		 95 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197668  normal  0.284456 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5336  Chitinase  27.75 
 
 		 368 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0262432  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5452  Chitinase  28.83 
 
 		 296 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0310454  normal  0.198573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4654  glycoside hydrolase family 19  26.83 
 
 		 384 aa  52.4  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4884  Chitinase  27.33 
 
 		 245 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0515  hypothetical protein  39.39 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.356354  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  37.23 
 
 		 787 aa  50.1  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1943  chitinase  33.33 
 
 		 464 aa  49.3  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0117537  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5553  Chitinase  29.03 
 
 		 709 aa  48.9  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.122706 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0298  putative chitinase  39.77 
 
 		 574 aa  45.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  29.55 
 
 		 1297 aa  45.4  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6125  peptidase M23B  26.26 
 
 		 746 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0146574  normal  0.37839 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2990  chitinase-like protein  40 
 
 		 286 aa  43.5  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0509931  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1101  chitinase  29.01 
 
 		 565 aa  42.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0261  hypothetical protein  27.81 
 
 		 239 aa  42.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2175  chitinase  27.94 
 
 		 431 aa  42  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000288646  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2226  EF hand domain-containing protein  41.27 
 
 		 989 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6478  hypothetical protein  28.57 
 
 		 311 aa  41.6  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4051  hypothetical protein  36.49 
 
 		 290 aa  41.2  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01081  hypothetical protein  37.5 
 
 		 566 aa  40.8  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>