58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3456 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  73.17 
 
 		 245 aa  358  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  69.23 
 
 		 253 aa  349  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  75.49 
 
 		 220 aa  322  3e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  69.17 
 
 		 269 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  43.02 
 
 		 208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  41.67 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  34.15 
 
 		 209 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  31.74 
 
 		 197 aa  98.2  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  34.44 
 
 		 204 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  32.93 
 
 		 204 aa  95.1  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  32.84 
 
 		 204 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  34.25 
 
 		 204 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  30.54 
 
 		 197 aa  93.6  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  33.82 
 
 		 209 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  34.04 
 
 		 211 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  30.54 
 
 		 197 aa  93.6  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  30.53 
 
 		 220 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  32.84 
 
 		 209 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  33.14 
 
 		 203 aa  88.6  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  33.33 
 
 		 204 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6478  hypothetical protein  48.25 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  35.39 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  34.38 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4051  hypothetical protein  44.54 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2990  chitinase-like protein  50 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0509931  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  32.99 
 
 		 177 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  31.77 
 
 		 177 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  33.14 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  31.77 
 
 		 177 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  34.07 
 
 		 196 aa  79.3  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  34.39 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  29.47 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  32.29 
 
 		 181 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  28.5 
 
 		 875 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  28.93 
 
 		 177 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  34.02 
 
 		 183 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  28.5 
 
 		 789 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  29.61 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  28.87 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  32.97 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  29.5 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  24.9 
 
 		 776 aa  58.9  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  24.48 
 
 		 743 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.89 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  30.88 
 
 		 674 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1867  chitinase-like protein  28.98 
 
 		 322 aa  52.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  29.94 
 
 		 182 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  37.62 
 
 		 787 aa  48.1  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  28.81 
 
 		 323 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4775  chitinase-like protein  30.89 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  37.8 
 
 		 1297 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0261  hypothetical protein  27.08 
 
 		 239 aa  45.8  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  26.32 
 
 		 187 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1434  lytic enzyme  34.15 
 
 		 95 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197668  normal  0.284456 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  25.91 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2021  lytic enzyme  32.93 
 
 		 95 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.697599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>