80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2238 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  100 
 
 		 181 aa  367  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  64.37 
 
 		 177 aa  233  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  64.37 
 
 		 177 aa  233  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  65.52 
 
 		 177 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  64.94 
 
 		 177 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  58.79 
 
 		 183 aa  188  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  55 
 
 		 181 aa  184  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  53.07 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  55.84 
 
 		 190 aa  169  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  53.59 
 
 		 187 aa  167  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  51.65 
 
 		 183 aa  164  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 		 182 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  50.86 
 
 		 196 aa  160  9e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 		 189 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  49.43 
 
 		 187 aa  153  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  49.67 
 
 		 264 aa  134  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  49.02 
 
 		 264 aa  132  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  45.63 
 
 		 209 aa  131  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  46.6 
 
 		 209 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  40.2 
 
 		 212 aa  128  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  46.12 
 
 		 209 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  36.95 
 
 		 208 aa  125  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  38 
 
 		 207 aa  122  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  45.45 
 
 		 323 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1867  chitinase-like protein  46.53 
 
 		 322 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  38.86 
 
 		 211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  39.31 
 
 		 204 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  38.59 
 
 		 204 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  39.88 
 
 		 204 aa  110  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4775  chitinase-like protein  44.96 
 
 		 259 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  39.53 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  37.75 
 
 		 238 aa  97.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  29.76 
 
 		 204 aa  87  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  33.33 
 
 		 203 aa  84.7  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  33.14 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  32.78 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  32.78 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  34.29 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1434  lytic enzyme  48.19 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197668  normal  0.284456 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2021  lytic enzyme  48.19 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.697599 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  34.95 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  34.68 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  29.76 
 
 		 776 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  32.29 
 
 		 266 aa  71.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  34.88 
 
 		 253 aa  71.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4092  hypothetical protein  32 
 
 		 588 aa  70.9  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  33.33 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  28.8 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  29.89 
 
 		 789 aa  68.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  32.75 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  28.92 
 
 		 674 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  26.87 
 
 		 875 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  28.84 
 
 		 964 aa  63.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5452  Chitinase  32.64 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0310454  normal  0.198573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7196  Chitinase  37.11 
 
 		 367 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1920  Chitinase  35.29 
 
 		 359 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  31.15 
 
 		 1054 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3355  chitinase  38.3 
 
 		 266 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3417  chitinase  38.3 
 
 		 266 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3366  chitinase  38.3 
 
 		 266 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25303  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1329  Chitinase  38.38 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4654  glycoside hydrolase family 19  36.08 
 
 		 384 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2175  chitinase  36.78 
 
 		 431 aa  55.5  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000288646  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  35.77 
 
 		 743 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4405  chitinase  38.24 
 
 		 353 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0515  hypothetical protein  47.92 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.356354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0261  hypothetical protein  60 
 
 		 239 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5336  Chitinase  35.71 
 
 		 368 aa  51.6  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0262432  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4884  Chitinase  32.31 
 
 		 245 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2001  hypothetical protein  46.51 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  33.33 
 
 		 1297 aa  45.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6204  hypothetical protein  46.51 
 
 		 202 aa  44.7  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1277  hypothetical protein  30.57 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.136895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2990  chitinase-like protein  32.39 
 
 		 286 aa  43.9  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0509931  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1223  hypothetical protein  29.49 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00168849  normal  0.293183 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2226  EF hand domain-containing protein  42 
 
 		 989 aa  41.6  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48504  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  33.33 
 
 		 787 aa  41.6  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4051  hypothetical protein  44.93 
 
 		 290 aa  41.2  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7027  hypothetical protein  32.08 
 
 		 264 aa  40.8  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0914  hypothetical protein  42.86 
 
 		 236 aa  40.8  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>