80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4037 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  100 
 
 
177 aa  362  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  100 
 
 
177 aa  362  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  89.27 
 
 
177 aa  325  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  82.49 
 
 
177 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  67.96 
 
 
181 aa  240  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  65.95 
 
 
181 aa  234  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  64.37 
 
 
181 aa  233  7e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  60.99 
 
 
183 aa  208  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  61.17 
 
 
189 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  58.18 
 
 
183 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  55.85 
 
 
187 aa  184  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  55.49 
 
 
182 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  52.47 
 
 
190 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  50 
 
 
209 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  44.69 
 
 
187 aa  148  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  48.48 
 
 
196 aa  147  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  47.85 
 
 
209 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  47.85 
 
 
209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  52.32 
 
 
264 aa  141  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  52.32 
 
 
264 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  39.02 
 
 
208 aa  137  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  38.54 
 
 
207 aa  132  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  40.3 
 
 
204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  41.3 
 
 
204 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  39.34 
 
 
212 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  39.5 
 
 
204 aa  121  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1867  chitinase-like protein  46.26 
 
 
322 aa  121  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.52328 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  42.38 
 
 
323 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  37.07 
 
 
204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  36.36 
 
 
197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4775  chitinase-like protein  47.29 
 
 
259 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340237  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  35.8 
 
 
197 aa  111  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  35.8 
 
 
197 aa  111  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  37.58 
 
 
238 aa  111  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  33.98 
 
 
204 aa  110  8.000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  34.36 
 
 
211 aa  102  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  34.16 
 
 
203 aa  97.8  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  36.42 
 
 
335 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  33.81 
 
 
213 aa  90.9  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  35.2 
 
 
269 aa  85.5  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  35.76 
 
 
245 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  31.77 
 
 
266 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  29.74 
 
 
789 aa  80.9  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  34.91 
 
 
253 aa  77.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2021  lytic enzyme  44.58 
 
 
95 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.697599 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  26.5 
 
 
875 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1434  lytic enzyme  45.78 
 
 
95 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197668  normal  0.284456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  29.26 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  31.93 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4092  hypothetical protein  31.84 
 
 
588 aa  71.6  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  27.92 
 
 
964 aa  65.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  26.7 
 
 
1054 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1329  Chitinase  30.06 
 
 
295 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  28.85 
 
 
776 aa  62  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5452  Chitinase  30.95 
 
 
296 aa  61.6  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0310454  normal  0.198573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4654  glycoside hydrolase family 19  31.54 
 
 
384 aa  61.2  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.274267  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7196  Chitinase  32.21 
 
 
367 aa  60.8  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  30.11 
 
 
674 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1920  Chitinase  31.75 
 
 
359 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0515  hypothetical protein  50.94 
 
 
201 aa  57  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.356354  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  33.63 
 
 
743 aa  56.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3355  chitinase  33.67 
 
 
266 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3417  chitinase  33.67 
 
 
266 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3366  chitinase  33.67 
 
 
266 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25303  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0261  hypothetical protein  35.79 
 
 
239 aa  55.5  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5336  Chitinase  31.37 
 
 
368 aa  55.1  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0262432  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  34.48 
 
 
787 aa  54.3  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  30.09 
 
 
1297 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2175  chitinase  31.9 
 
 
431 aa  52.4  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000288646  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4405  chitinase  31.75 
 
 
353 aa  52.4  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2226  EF hand domain-containing protein  42.11 
 
 
989 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48504  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2990  chitinase-like protein  39.6 
 
 
286 aa  49.3  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0509931  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6125  peptidase M23B  27.4 
 
 
746 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0146574  normal  0.37839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4884  Chitinase  30.16 
 
 
245 aa  48.5  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3274  hypothetical protein  25.79 
 
 
910 aa  45.4  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.14902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2001  hypothetical protein  29.01 
 
 
205 aa  45.1  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1223  hypothetical protein  28.57 
 
 
227 aa  44.7  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00168849  normal  0.293183 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6204  hypothetical protein  30.07 
 
 
202 aa  43.5  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1277  hypothetical protein  28.57 
 
 
227 aa  42.7  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.136895  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4051  hypothetical protein  38.3 
 
 
290 aa  41.6  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>