71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0108 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 1054 aa  2189    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  39.08 
 
 		 964 aa  553  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3251  hypothetical protein  33.71 
 
 		 931 aa  191  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.09086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3253  hypothetical protein  31.96 
 
 		 889 aa  184  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2226  EF hand domain-containing protein  30.46 
 
 		 989 aa  169  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48504  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  22.38 
 
 		 674 aa  100  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  25.78 
 
 		 875 aa  100  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5203  hypothetical protein  33.91 
 
 		 359 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  24.3 
 
 		 776 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  28.04 
 
 		 789 aa  82  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  28.5 
 
 		 208 aa  79.7  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5210  EF hand domain protein  34.21 
 
 		 310 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  28.36 
 
 		 189 aa  67.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  27.64 
 
 		 181 aa  67.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5413  EF hand domain protein  25.97 
 
 		 792 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  27.55 
 
 		 177 aa  66.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5206  EF hand domain protein  33.61 
 
 		 310 aa  66.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6125  peptidase M23B  21.67 
 
 		 746 aa  64.7  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0146574  normal  0.37839 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  26.7 
 
 		 177 aa  64.7  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  24.24 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  26.7 
 
 		 177 aa  64.7  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  28.1 
 
 		 204 aa  64.3  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  28.02 
 
 		 204 aa  64.3  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  24.76 
 
 		 197 aa  63.2  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3274  hypothetical protein  23.66 
 
 		 910 aa  63.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.14902  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  33.88 
 
 		 177 aa  62  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  28.12 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  27.86 
 
 		 183 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  24.38 
 
 		 197 aa  61.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  27.05 
 
 		 204 aa  60.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  24.38 
 
 		 197 aa  61.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  25.65 
 
 		 181 aa  59.7  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  26 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  24.76 
 
 		 203 aa  58.5  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  23.96 
 
 		 1297 aa  58.5  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3426  hypothetical protein  29.41 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  24.3 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  31.15 
 
 		 181 aa  57.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  26.83 
 
 		 204 aa  57.4  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5198  hypothetical protein  29.63 
 
 		 776 aa  57.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0389721  normal  0.380084 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  30.4 
 
 		 190 aa  55.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  26.37 
 
 		 187 aa  55.5  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2503  M23 peptidase domain-containing protein  20.18 
 
 		 766 aa  55.1  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0125  hypothetical protein  30.6 
 
 		 238 aa  54.3  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.293985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  28.29 
 
 		 220 aa  53.5  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5209  hypothetical protein  33.75 
 
 		 392 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  28.5 
 
 		 182 aa  52.8  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0738  M23 peptidase domain-containing protein  21.89 
 
 		 765 aa  52.8  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0806  peptidase M23B  21.89 
 
 		 765 aa  53.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  30.94 
 
 		 187 aa  52.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3023  hypothetical protein  32.97 
 
 		 827 aa  52  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1435  peptidoglycan binding domain-containing protein  21.78 
 
 		 363 aa  51.2  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0168  M23 peptidase domain-containing protein  21.47 
 
 		 765 aa  50.8  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.730515  hitchhiker  0.0000407219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  22.32 
 
 		 211 aa  50.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  31.3 
 
 		 209 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02037  hypothetical protein  35.44 
 
 		 751 aa  50.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.909171  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.06 
 
 		 264 aa  50.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  21.85 
 
 		 743 aa  48.9  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  24.29 
 
 		 335 aa  48.1  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  21.92 
 
 		 220 aa  47.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1329  Chitinase  35.85 
 
 		 295 aa  46.6  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  25.12 
 
 		 183 aa  46.6  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3366  chitinase  38.46 
 
 		 266 aa  46.6  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3417  chitinase  38.46 
 
 		 266 aa  46.6  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.06 
 
 		 264 aa  47  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3355  chitinase  38.46 
 
 		 266 aa  46.6  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0734  M23 peptidase domain-containing protein  22.17 
 
 		 740 aa  46.6  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  35.21 
 
 		 787 aa  46.2  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  23.41 
 
 		 253 aa  45.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2175  chitinase  24.79 
 
 		 431 aa  45.4  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000288646  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0914  hypothetical protein  31 
 
 		 236 aa  44.7  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>