17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5203 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5203  hypothetical protein  100 
 
 
359 aa  750    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5413  EF hand domain protein  100 
 
 
792 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  40.99 
 
 
875 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  31.49 
 
 
743 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0108  glycoside hydrolase family protein  33.91 
 
 
1054 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  43.86 
 
 
3598 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3251  hypothetical protein  36.25 
 
 
931 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.09086  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  33.33 
 
 
964 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3253  hypothetical protein  33.96 
 
 
889 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2226  EF hand domain-containing protein  30.64 
 
 
989 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48504  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3023  hypothetical protein  35.4 
 
 
827 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3426  hypothetical protein  31.21 
 
 
425 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02037  hypothetical protein  32.85 
 
 
751 aa  63.5  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.909171  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5198  hypothetical protein  34.23 
 
 
776 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0389721  normal  0.380084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  30.43 
 
 
776 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0734  M23 peptidase domain-containing protein  32.84 
 
 
740 aa  50.8  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2500  M23 peptidase domain-containing protein  28.36 
 
 
497 aa  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.453471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>