More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2355 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2355  MATE efflux family protein  100 
 
 		 449 aa  874    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0530772  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1862  MATE efflux family protein  96.21 
 
 		 449 aa  820    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0053  MATE efflux family protein  74.61 
 
 		 451 aa  624  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.39001  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0413  MATE efflux family protein  64.49 
 
 		 449 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2418  MATE efflux family protein  34.87 
 
 		 471 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1841  MATE efflux family protein  34.44 
 
 		 469 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2664  MATE efflux family protein  29.61 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3111  MATE efflux family protein  32.4 
 
 		 489 aa  176  6e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00116438 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0494  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 455 aa  167  2.9999999999999998e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0475117  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1967  MATE efflux family protein  29.17 
 
 		 488 aa  157  4e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0778152  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0252  MATE efflux family protein  29.87 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  30.26 
 
 		 460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  30.23 
 
 		 453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  32.24 
 
 		 467 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  29.4 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  32.57 
 
 		 467 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  29.4 
 
 		 451 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  28.53 
 
 		 465 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  27.92 
 
 		 472 aa  107  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  24.57 
 
 		 438 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  33.73 
 
 		 467 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  24.73 
 
 		 469 aa  100  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  22.94 
 
 		 464 aa  98.2  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  22.98 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  23.85 
 
 		 470 aa  95.5  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  26.63 
 
 		 454 aa  94.4  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  25.63 
 
 		 460 aa  91.3  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  29.04 
 
 		 458 aa  90.1  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  27.25 
 
 		 472 aa  90.1  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  27.97 
 
 		 464 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2828  MATE efflux family protein  22.04 
 
 		 463 aa  88.6  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2514  MATE efflux family protein  22.04 
 
 		 463 aa  88.2  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0279  MATE efflux family protein  24.29 
 
 		 445 aa  87.8  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  24.73 
 
 		 470 aa  87.8  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003772  Na+ driven multidrug efflux pump  28.08 
 
 		 458 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  23.98 
 
 		 471 aa  86.3  9e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  28.76 
 
 		 466 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  28.1 
 
 		 450 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  23.88 
 
 		 446 aa  86.3  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  30 
 
 		 459 aa  86.3  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  23.98 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5035  MATE efflux family protein  31.56 
 
 		 469 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.88746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1237  hypothetical protein  27.16 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0290804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  25.05 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1541  MATE efflux family protein  29 
 
 		 486 aa  84.7  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1981  MATE efflux family protein  26.32 
 
 		 455 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000219259  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  26.42 
 
 		 470 aa  82.4  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  26.89 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0635  MATE efflux family protein  25.38 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  29.14 
 
 		 462 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  24.17 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  27.42 
 
 		 467 aa  81.6  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  23.71 
 
 		 445 aa  81.3  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  29.04 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  26.37 
 
 		 477 aa  80.5  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000109  adhesin  23.1 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.466925  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0208  multidrug efflux protein NorA  28.66 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  27.89 
 
 		 461 aa  80.1  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  26.75 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2766  MATE efflux family protein  21.66 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0984562  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05715  Na+-driven multidrug efflux pump  23.38 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02650  hypothetical protein  28.53 
 
 		 458 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  25.46 
 
 		 458 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  27.49 
 
 		 466 aa  77.4  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  27.95 
 
 		 456 aa  77.4  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0330  MATE efflux family protein  23.21 
 
 		 479 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  28.11 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  29.97 
 
 		 462 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  27.58 
 
 		 468 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3365  multi anti extrusion protein MatE  27.01 
 
 		 452 aa  76.6  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  29.64 
 
 		 462 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  29.63 
 
 		 448 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0830  MATE efflux family protein  24.06 
 
 		 445 aa  76.3  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000918772  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2022  multidrug efflux pump  24.01 
 
 		 459 aa  75.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.54695  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  23.43 
 
 		 452 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  26.75 
 
 		 478 aa  76.3  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  25.07 
 
 		 458 aa  75.5  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  24.36 
 
 		 450 aa  75.5  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  24.93 
 
 		 460 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  24.74 
 
 		 454 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  28.83 
 
 		 470 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  26.96 
 
 		 459 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2139  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 449 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000263742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  29.87 
 
 		 461 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6233  MATE efflux family protein  23.12 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0410154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  27.37 
 
 		 468 aa  75.1  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0537  hypothetical protein  26.71 
 
 		 460 aa  75.1  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  23.86 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  27.13 
 
 		 459 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 448 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 459 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  25.06 
 
 		 458 aa  73.9  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0857  MATE efflux family protein  24.11 
 
 		 458 aa  73.6  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  25.5 
 
 		 460 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0848  MATE efflux family protein  23.88 
 
 		 458 aa  73.2  0.000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.720761  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0743  MATE efflux family protein  25.69 
 
 		 484 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000192336  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  26.05 
 
 		 451 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  24.81 
 
 		 450 aa  72.8  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>