More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1862 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2355  MATE efflux family protein  96.21 
 
 		 449 aa  843    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0530772  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1862  MATE efflux family protein  100 
 
 		 449 aa  871    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0053  MATE efflux family protein  75.73 
 
 		 451 aa  635    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.39001  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0413  MATE efflux family protein  65.62 
 
 		 449 aa  548  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2418  MATE efflux family protein  34.21 
 
 		 471 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1841  MATE efflux family protein  34.23 
 
 		 469 aa  204  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2664  MATE efflux family protein  30.59 
 
 		 460 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3111  MATE efflux family protein  31.1 
 
 		 489 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00116438 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0494  MATE efflux family protein  28.32 
 
 		 455 aa  166  9e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0475117  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1967  MATE efflux family protein  29.14 
 
 		 488 aa  154  4e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0778152  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0252  MATE efflux family protein  29.89 
 
 		 460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  31.03 
 
 		 460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  30.48 
 
 		 453 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  29.65 
 
 		 451 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 467 aa  114  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  29.65 
 
 		 451 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  28.61 
 
 		 467 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  28.8 
 
 		 465 aa  113  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  29.94 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  24.68 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  25.16 
 
 		 469 aa  103  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  34.38 
 
 		 467 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  23.25 
 
 		 464 aa  99.8  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  24.48 
 
 		 470 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  23.29 
 
 		 464 aa  98.2  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  28.46 
 
 		 472 aa  97.4  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  26.84 
 
 		 460 aa  94.7  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0279  MATE efflux family protein  24.46 
 
 		 445 aa  94  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  26.33 
 
 		 454 aa  93.6  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  28.76 
 
 		 464 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  24.04 
 
 		 470 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  29.51 
 
 		 458 aa  91.3  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  24.62 
 
 		 453 aa  89.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003772  Na+ driven multidrug efflux pump  27.76 
 
 		 458 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  30.48 
 
 		 450 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  28.1 
 
 		 470 aa  87.4  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  31.6 
 
 		 462 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0208  multidrug efflux protein NorA  30.26 
 
 		 462 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  29.02 
 
 		 459 aa  87  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  25.27 
 
 		 475 aa  87  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1541  MATE efflux family protein  28.87 
 
 		 486 aa  85.9  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  23.92 
 
 		 471 aa  86.3  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  23.59 
 
 		 446 aa  86.3  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  26.19 
 
 		 457 aa  86.3  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2828  MATE efflux family protein  21.86 
 
 		 463 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2514  MATE efflux family protein  21.86 
 
 		 463 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1237  hypothetical protein  27.48 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0290804  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  29.33 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  23.92 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  28.05 
 
 		 461 aa  84.7  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2766  MATE efflux family protein  23.18 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0984562  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0330  MATE efflux family protein  23.72 
 
 		 479 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1981  MATE efflux family protein  26.56 
 
 		 455 aa  83.2  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000219259  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  27.88 
 
 		 467 aa  82.8  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5035  MATE efflux family protein  30.8 
 
 		 469 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.88746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  27.01 
 
 		 460 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  28.86 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  23.37 
 
 		 445 aa  82.4  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000109  adhesin  23.44 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.466925  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02650  hypothetical protein  26.63 
 
 		 458 aa  81.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0830  MATE efflux family protein  23.39 
 
 		 445 aa  81.3  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000918772  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  26.2 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05715  Na+-driven multidrug efflux pump  24.07 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3365  multi anti extrusion protein MatE  27.78 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  25.74 
 
 		 458 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  31.92 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  29.26 
 
 		 470 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  26.94 
 
 		 463 aa  80.1  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  29.45 
 
 		 461 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  29.76 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2022  multidrug efflux pump  24.28 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.54695  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0162  MATE efflux family protein  26.84 
 
 		 486 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  28.79 
 
 		 466 aa  79.3  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  25.64 
 
 		 458 aa  79.7  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0635  MATE efflux family protein  27.04 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  28.9 
 
 		 456 aa  79.7  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  29.89 
 
 		 448 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  27.81 
 
 		 468 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  26.81 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  24.33 
 
 		 461 aa  77.8  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3760  MATE efflux family protein  26.52 
 
 		 464 aa  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  26.4 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  24.03 
 
 		 450 aa  77.4  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0686  MATE efflux family protein  29.01 
 
 		 498 aa  77.4  0.0000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.221481  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  28.91 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  24.37 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2139  MATE efflux family protein  27.53 
 
 		 449 aa  77  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000263742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  28.61 
 
 		 459 aa  77  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  26.73 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  28.39 
 
 		 448 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  27.32 
 
 		 459 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  25.91 
 
 		 460 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  25.26 
 
 		 458 aa  75.5  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0857  MATE efflux family protein  23.17 
 
 		 458 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 459 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  23.64 
 
 		 452 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1023  multi anti extrusion protein MatE  26.33 
 
 		 464 aa  74.7  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>