More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1736 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  100 
 
 		 472 aa  924    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  55.17 
 
 		 456 aa  451  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  56.08 
 
 		 451 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  56.76 
 
 		 453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  56.08 
 
 		 451 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  53.3 
 
 		 460 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  51.25 
 
 		 458 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  47.15 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  44.79 
 
 		 465 aa  363  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  43.27 
 
 		 467 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  42.83 
 
 		 467 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  38.32 
 
 		 470 aa  298  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  37.96 
 
 		 471 aa  290  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  37.73 
 
 		 471 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  38.82 
 
 		 470 aa  278  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  37.34 
 
 		 472 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  37.16 
 
 		 460 aa  273  7e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  37.04 
 
 		 472 aa  261  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  36.82 
 
 		 472 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  40.51 
 
 		 468 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  38.41 
 
 		 460 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  35.96 
 
 		 477 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2521  multi anti extrusion protein MatE  37.13 
 
 		 490 aa  246  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  38.12 
 
 		 467 aa  245  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  37.17 
 
 		 470 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  35.65 
 
 		 463 aa  241  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  36.13 
 
 		 477 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  37.98 
 
 		 470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  35.86 
 
 		 470 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  37.59 
 
 		 470 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  32.69 
 
 		 461 aa  230  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  31.21 
 
 		 457 aa  229  9e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  36.24 
 
 		 474 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  35.57 
 
 		 463 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  35.27 
 
 		 464 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  34.46 
 
 		 462 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  35.03 
 
 		 468 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  34.46 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  32.48 
 
 		 450 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  36.59 
 
 		 466 aa  218  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  31.46 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  34.81 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  34.81 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  34.81 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  34.81 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  34.81 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  32.09 
 
 		 457 aa  214  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  34.81 
 
 		 468 aa  213  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1146  MATE efflux family protein  35.83 
 
 		 469 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.890459  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  31.67 
 
 		 462 aa  212  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  33.78 
 
 		 462 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  32.73 
 
 		 462 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  32.73 
 
 		 462 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  32.73 
 
 		 462 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  34.02 
 
 		 442 aa  209  7e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  34.39 
 
 		 462 aa  209  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  32.09 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  34.32 
 
 		 464 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  31.94 
 
 		 457 aa  207  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  31.87 
 
 		 457 aa  207  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  31.94 
 
 		 457 aa  207  4e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  32.53 
 
 		 457 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  32.53 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  32.9 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  32.53 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  32.53 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  31.79 
 
 		 457 aa  204  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  33.95 
 
 		 462 aa  202  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  34.6 
 
 		 441 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  28.47 
 
 		 451 aa  201  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  31 
 
 		 457 aa  200  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  30.84 
 
 		 458 aa  199  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  32.23 
 
 		 457 aa  199  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  30.96 
 
 		 457 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  35.68 
 
 		 462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  30.96 
 
 		 457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  30.96 
 
 		 457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  32.12 
 
 		 466 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  34.01 
 
 		 462 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  31.71 
 
 		 457 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  34.66 
 
 		 461 aa  195  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  29.86 
 
 		 457 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  34.24 
 
 		 462 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  29.69 
 
 		 460 aa  191  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0208  multidrug efflux protein NorA  34.69 
 
 		 462 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  29.76 
 
 		 460 aa  189  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69890  multidrug efflux protein NorA  35.24 
 
 		 488 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  32.32 
 
 		 477 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  32.32 
 
 		 477 aa  186  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  34.32 
 
 		 460 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  31.83 
 
 		 478 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  29.14 
 
 		 454 aa  184  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  29.13 
 
 		 458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  34.24 
 
 		 462 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  34.02 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>