More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000109 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000109  adhesin  100 
 
 
461 aa  924    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.466925  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05715  Na+-driven multidrug efflux pump  83.95 
 
 
461 aa  804    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1237  hypothetical protein  32.82 
 
 
458 aa  261  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0290804  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02650  hypothetical protein  34.66 
 
 
458 aa  259  6e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003772  Na+ driven multidrug efflux pump  32.59 
 
 
458 aa  256  6e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2766  MATE efflux family protein  33.19 
 
 
453 aa  248  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0984562  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2022  multidrug efflux pump  31.99 
 
 
459 aa  239  9e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.54695  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3712  MATE efflux family protein  33.26 
 
 
454 aa  236  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139203  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0330  MATE efflux family protein  30.29 
 
 
479 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0830  MATE efflux family protein  30.27 
 
 
445 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000918772  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0279  MATE efflux family protein  29.31 
 
 
445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0537  hypothetical protein  30.9 
 
 
460 aa  208  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0621  MATE efflux family protein  28.45 
 
 
460 aa  207  4e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2514  MATE efflux family protein  28.26 
 
 
463 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2828  MATE efflux family protein  28.26 
 
 
463 aa  204  3e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0897  MATE efflux family protein  29.27 
 
 
453 aa  192  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000262958  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0848  MATE efflux family protein  26.7 
 
 
458 aa  189  9e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.720761  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0857  MATE efflux family protein  26.7 
 
 
458 aa  189  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0522  MATE efflux family protein  26.37 
 
 
461 aa  179  7e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1138  MATE efflux family protein  27.17 
 
 
450 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000318212  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0994  MATE efflux family protein  27.56 
 
 
449 aa  170  4e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1981  MATE efflux family protein  24.22 
 
 
455 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000219259  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1116  MATE efflux family protein  24.66 
 
 
456 aa  156  9e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1094  MATE efflux family protein  27.17 
 
 
464 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000923462  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18490  MATE efflux family protein  26.65 
 
 
442 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000174233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4103  Na+ driven multidrug efflux pump  25.69 
 
 
463 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0660054  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0743  MATE efflux family protein  23.03 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000192336  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1106  MATE efflux family protein  25.86 
 
 
464 aa  134  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1088  efflux protein  25.86 
 
 
464 aa  134  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000024435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1082  efflux protein  25.86 
 
 
464 aa  133  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000125629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1196  MATE efflux family protein  25.86 
 
 
464 aa  134  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000655029  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1239  MATE efflux family protein  25.93 
 
 
464 aa  133  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.238085  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2630  MATE efflux family protein  28.29 
 
 
472 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.850794  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1305  MATE efflux family protein  25.93 
 
 
464 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.40401  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1343  MATE efflux family protein  25.86 
 
 
464 aa  132  9e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000317655  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1266  MATE efflux family protein  25.86 
 
 
464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0901  MATE efflux family protein  25.58 
 
 
463 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000627796  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0691  MATE efflux family protein  27.07 
 
 
450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1506  MATE efflux family protein  26.1 
 
 
450 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0981  MATE efflux family protein  25.4 
 
 
456 aa  127  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.730082  normal  0.0880752 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  25.28 
 
 
469 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000940  Na+ driven multidrug efflux pump  25.83 
 
 
446 aa  117  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000926882  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0802  MATE efflux family protein  25.38 
 
 
453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3187  MATE efflux family protein  26.1 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3485  MATE efflux family protein  26.54 
 
 
453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  23.14 
 
 
475 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  23.98 
 
 
446 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3315  MATE efflux family protein  26.32 
 
 
456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0638  MATE efflux family protein  26.32 
 
 
456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  22.9 
 
 
438 aa  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3760  MATE efflux family protein  24.72 
 
 
464 aa  113  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3779  MATE efflux family protein  26.75 
 
 
453 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0299  MATE efflux family protein  24.95 
 
 
456 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000180901  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  25.06 
 
 
459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06935  Na+-driven multidrug efflux pump  25.61 
 
 
446 aa  111  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  25.39 
 
 
458 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3656  MATE efflux family protein  26.1 
 
 
453 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0649  MATE efflux family protein  26.06 
 
 
453 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  28.27 
 
 
469 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0597  hypothetical protein  23.49 
 
 
444 aa  108  2e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0651  MATE efflux family protein  24.6 
 
 
446 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000388571  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3589  MATE efflux family protein  26.1 
 
 
476 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  22.88 
 
 
453 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  27.33 
 
 
464 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  27.02 
 
 
464 aa  104  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2425  MATE efflux family protein  22.93 
 
 
461 aa  104  4e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.264518  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  25.8 
 
 
457 aa  103  8e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1139  hypothetical protein  23.61 
 
 
484 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000023845  hitchhiker  0.0000334983 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  23.68 
 
 
450 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01896  predicted multidrug efflux system  23.98 
 
 
547 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0202846  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  24.88 
 
 
452 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01885  hypothetical protein  23.98 
 
 
547 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0187925  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2108  hypothetical protein  24.2 
 
 
546 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.24671e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2267  hypothetical protein  23.98 
 
 
546 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000010697  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1669  MATE efflux family protein  23.61 
 
 
495 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135228  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  25.65 
 
 
454 aa  99.8  8e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2829  hypothetical protein  23.61 
 
 
484 aa  100  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000399298  normal  0.437543 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  24.64 
 
 
461 aa  99.4  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1659  hypothetical protein  23.77 
 
 
495 aa  99  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000439345  normal  0.0451104 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0648  mate efflux family protein  25.69 
 
 
440 aa  98.6  2e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.849411  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  21.19 
 
 
450 aa  98.2  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2475  MATE efflux family protein  22.1 
 
 
463 aa  97.4  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.211957  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2542  MATE efflux family protein  24.33 
 
 
459 aa  97.1  6e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28350  MOP(MATE) family transporter: multidrug efflux  24.34 
 
 
428 aa  96.3  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00440405  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  24.28 
 
 
468 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  23.26 
 
 
451 aa  95.5  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0536  mate efflux family protein  22.9 
 
 
440 aa  95.1  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  24.02 
 
 
455 aa  94.4  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.32 
 
 
460 aa  94.4  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1418  MATE efflux family protein  26.88 
 
 
462 aa  94  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  24.94 
 
 
451 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0441  MATE efflux family protein  26.04 
 
 
446 aa  92.4  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000223642  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0078  mate efflux family protein  23.46 
 
 
439 aa  92  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.129262  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  23.13 
 
 
470 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  23.2 
 
 
483 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  25.96 
 
 
454 aa  91.3  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  23.62 
 
 
462 aa  91.7  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  23.96 
 
 
475 aa  91.7  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  24.94 
 
 
451 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  24.02 
 
 
455 aa  91.3  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>