More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2139 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  80.09 
 
 		 450 aa  704    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2139  MATE efflux family protein  100 
 
 		 449 aa  872    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000263742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  68.71 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  69.3 
 
 		 448 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  68.25 
 
 		 448 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  57.14 
 
 		 451 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  55.56 
 
 		 453 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  56.01 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  56.01 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1859  MATE efflux family protein  56.46 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763838  normal  0.0423968 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  53.74 
 
 		 459 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  57.37 
 
 		 451 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1438  MATE efflux family protein  57.47 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.805906  hitchhiker  0.00501053 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0945  MATE efflux family protein  53.81 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1818  MATE efflux family protein  53.51 
 
 		 459 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.138431 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1311  MATE efflux family protein  53.47 
 
 		 463 aa  434  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2211  multidrug resistance protein NorM, putative  56.01 
 
 		 451 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0676191  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2383  multidrug resistance protein  55.1 
 
 		 451 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2217  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 451 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2255  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 451 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1862  putative multidrug resistance protein NorM  54.88 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0035  putative multidrug resistance protein NorM  54.88 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0708926  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1133  putative multidrug resistance protein NorM  54.88 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1371  multidrug resistance protein NorM, putative  54.88 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.31883  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0635  MATE efflux family protein  52.26 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  47.85 
 
 		 459 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3585  MATE efflux family protein  43.51 
 
 		 472 aa  313  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2365  MATE efflux family protein  44.91 
 
 		 458 aa  305  9.000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.469261  normal  0.875331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1493  MATE efflux family protein  44.67 
 
 		 458 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2259  MATE efflux family protein  43.09 
 
 		 455 aa  303  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3365  multi anti extrusion protein MatE  40.74 
 
 		 452 aa  300  5e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2318  MATE efflux family protein  45.19 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2633  MATE efflux family protein  43.97 
 
 		 458 aa  289  9e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0913646  normal  0.0762555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4911  MATE efflux family protein  44.03 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2199  MATE efflux family protein  41.51 
 
 		 455 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.496976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  37.1 
 
 		 466 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  36.43 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  35.97 
 
 		 477 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  33.79 
 
 		 460 aa  245  9.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  34.76 
 
 		 457 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  34.16 
 
 		 456 aa  229  8e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  34.15 
 
 		 457 aa  227  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  34.3 
 
 		 457 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  33.79 
 
 		 457 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  33.79 
 
 		 457 aa  223  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  33.79 
 
 		 457 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3309  MATE efflux family protein  34.23 
 
 		 479 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  34.17 
 
 		 478 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  34.24 
 
 		 458 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2403  MATE efflux family protein  32.6 
 
 		 475 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  34.15 
 
 		 457 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  30.39 
 
 		 458 aa  216  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  33.85 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  31.92 
 
 		 457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  32.42 
 
 		 461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  32.52 
 
 		 460 aa  213  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  32.58 
 
 		 456 aa  213  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  32.88 
 
 		 464 aa  213  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  31.14 
 
 		 458 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  32.49 
 
 		 472 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29880  Multidrug efflux protein  36.67 
 
 		 459 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  31.06 
 
 		 453 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  31.34 
 
 		 453 aa  207  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  32.53 
 
 		 461 aa  207  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  31.48 
 
 		 455 aa  207  4e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  31.89 
 
 		 425 aa  206  5e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  31.25 
 
 		 455 aa  206  7e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  32.63 
 
 		 459 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  30.84 
 
 		 456 aa  204  4e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  32 
 
 		 459 aa  202  8e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  32.63 
 
 		 459 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  32.39 
 
 		 459 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  31.18 
 
 		 461 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1702  MATE efflux family protein  30.61 
 
 		 453 aa  199  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.125502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  32.07 
 
 		 457 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  31.86 
 
 		 457 aa  199  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  31.86 
 
 		 457 aa  199  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  32.07 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  30.22 
 
 		 452 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  32.07 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  32.07 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  32.07 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  31.85 
 
 		 457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  31.85 
 
 		 457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  31.47 
 
 		 457 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  31.47 
 
 		 457 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  31.25 
 
 		 457 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  31.25 
 
 		 457 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  31.25 
 
 		 457 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  31.82 
 
 		 459 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  32.78 
 
 		 459 aa  195  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  32.3 
 
 		 459 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  32.06 
 
 		 459 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  29.45 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  32.06 
 
 		 459 aa  190  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2036  MATE efflux family protein  31.99 
 
 		 464 aa  189  8e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000288761  decreased coverage  0.0000000485587 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  29.05 
 
 		 454 aa  189  9e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1267  multidrug efflux protein  29.27 
 
 		 453 aa  188  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1472  multidrug efflux protein  29.27 
 
 		 453 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  29.05 
 
 		 453 aa  188  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>