More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1115 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  100 
 
 		 448 aa  870    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  85.49 
 
 		 448 aa  700    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  98.66 
 
 		 448 aa  859    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  68.18 
 
 		 450 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2139  MATE efflux family protein  68.71 
 
 		 449 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000263742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  57.24 
 
 		 459 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  55.63 
 
 		 451 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0945  MATE efflux family protein  56.36 
 
 		 453 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 450 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 450 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  54.42 
 
 		 453 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1818  MATE efflux family protein  56.79 
 
 		 459 aa  455  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.138431 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1859  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 450 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763838  normal  0.0423968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  55.41 
 
 		 451 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1438  MATE efflux family protein  55.66 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.805906  hitchhiker  0.00501053 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1311  MATE efflux family protein  52.7 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2211  multidrug resistance protein NorM, putative  55.56 
 
 		 451 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0676191  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2217  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2383  multidrug resistance protein  55.1 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2255  MATE efflux family protein  55.1 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1862  putative multidrug resistance protein NorM  54.65 
 
 		 451 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1371  multidrug resistance protein NorM, putative  54.65 
 
 		 451 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.31883  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0035  putative multidrug resistance protein NorM  54.65 
 
 		 451 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0708926  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1133  putative multidrug resistance protein NorM  54.65 
 
 		 451 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0635  MATE efflux family protein  52.25 
 
 		 463 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  46.68 
 
 		 459 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2633  MATE efflux family protein  45.34 
 
 		 458 aa  306  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0913646  normal  0.0762555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1493  MATE efflux family protein  43.47 
 
 		 458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2318  MATE efflux family protein  43.98 
 
 		 447 aa  303  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2365  MATE efflux family protein  43.23 
 
 		 458 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.469261  normal  0.875331 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4911  MATE efflux family protein  45.58 
 
 		 455 aa  299  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2259  MATE efflux family protein  41.59 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3585  MATE efflux family protein  40.72 
 
 		 472 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3365  multi anti extrusion protein MatE  39.47 
 
 		 452 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2199  MATE efflux family protein  41.51 
 
 		 455 aa  273  5.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.496976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  35.75 
 
 		 466 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  34.76 
 
 		 477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  34.76 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  36.3 
 
 		 478 aa  236  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  33.25 
 
 		 460 aa  235  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  31.15 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  33.71 
 
 		 457 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2403  MATE efflux family protein  33.77 
 
 		 475 aa  229  5e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  34.17 
 
 		 464 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  32.86 
 
 		 452 aa  226  8e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  32.04 
 
 		 457 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  32.04 
 
 		 457 aa  224  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  32.04 
 
 		 457 aa  224  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  30.84 
 
 		 453 aa  224  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  33.33 
 
 		 460 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  32.29 
 
 		 457 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  32.83 
 
 		 480 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  31.12 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  31.82 
 
 		 453 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  31.99 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  30.34 
 
 		 457 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  30.34 
 
 		 457 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  30.11 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  31.88 
 
 		 461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  30.11 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  31.75 
 
 		 457 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  31.75 
 
 		 457 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  30.11 
 
 		 457 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  31.75 
 
 		 457 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  31.75 
 
 		 457 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  31.77 
 
 		 457 aa  213  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  31.52 
 
 		 457 aa  212  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  32.22 
 
 		 459 aa  212  9e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  31.52 
 
 		 457 aa  212  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  31.52 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  31.52 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  31.52 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  31.74 
 
 		 461 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  30.68 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  31.75 
 
 		 472 aa  211  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  32.46 
 
 		 459 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  31.25 
 
 		 455 aa  209  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  209  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  31.98 
 
 		 459 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  32.3 
 
 		 459 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  31.79 
 
 		 461 aa  208  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  31.98 
 
 		 459 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  32.24 
 
 		 458 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  31.74 
 
 		 459 aa  207  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  31.82 
 
 		 459 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 455 aa  207  3e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  31.74 
 
 		 459 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1702  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 453 aa  207  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.125502  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  30.52 
 
 		 456 aa  206  9e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3309  MATE efflux family protein  34.23 
 
 		 479 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  32.55 
 
 		 456 aa  204  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  31.5 
 
 		 459 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  32.43 
 
 		 456 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2538  MATE efflux family protein  30.29 
 
 		 454 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29880  Multidrug efflux protein  36.01 
 
 		 459 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2036  MATE efflux family protein  30.72 
 
 		 464 aa  200  3.9999999999999996e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000288761  decreased coverage  0.0000000485587 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02164  multidrug efflux protein NorA  32.67 
 
 		 457 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2909  multidrug efflux protein  30.97 
 
 		 449 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  28.54 
 
 		 452 aa  187  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>