More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0537 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0537  hypothetical protein  100 
 
 		 460 aa  905    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2022  multidrug efflux pump  33.7 
 
 		 459 aa  283  4.0000000000000003e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.54695  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1237  hypothetical protein  33.84 
 
 		 458 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0290804  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003772  Na+ driven multidrug efflux pump  32.68 
 
 		 458 aa  237  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02650  hypothetical protein  32.03 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2766  MATE efflux family protein  30.67 
 
 		 453 aa  230  5e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0984562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3712  MATE efflux family protein  32.96 
 
 		 454 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139203  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0279  MATE efflux family protein  30.93 
 
 		 445 aa  224  2e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0830  MATE efflux family protein  28.28 
 
 		 445 aa  222  9e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000918772  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2828  MATE efflux family protein  30.31 
 
 		 463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2514  MATE efflux family protein  30.31 
 
 		 463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000109  adhesin  30.9 
 
 		 461 aa  220  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.466925  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05715  Na+-driven multidrug efflux pump  31.05 
 
 		 461 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0330  MATE efflux family protein  28.85 
 
 		 479 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0621  MATE efflux family protein  29.48 
 
 		 460 aa  209  7e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27098  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0897  MATE efflux family protein  29.89 
 
 		 453 aa  203  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000262958  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1138  MATE efflux family protein  29.91 
 
 		 450 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000318212  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0848  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 458 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.720761  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0857  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 458 aa  196  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1981  MATE efflux family protein  28.73 
 
 		 455 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000219259  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0994  MATE efflux family protein  26.84 
 
 		 449 aa  155  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1116  MATE efflux family protein  26.96 
 
 		 456 aa  152  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0522  MATE efflux family protein  22.45 
 
 		 461 aa  152  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2475  MATE efflux family protein  26.78 
 
 		 463 aa  146  9e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.211957  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2425  MATE efflux family protein  27.37 
 
 		 461 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.264518  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0743  MATE efflux family protein  27.86 
 
 		 484 aa  146  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000192336  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 483 aa  127  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  25.22 
 
 		 446 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  24.84 
 
 		 459 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 464 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  32.82 
 
 		 468 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  28.36 
 
 		 461 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  27.45 
 
 		 453 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1415  MATE efflux family protein  29.81 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.167041 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  27.56 
 
 		 458 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1094  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 464 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000923462  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  24.22 
 
 		 462 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  28.5 
 
 		 466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0981  MATE efflux family protein  26.04 
 
 		 456 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.730082  normal  0.0880752 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2630  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.850794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  26.77 
 
 		 438 aa  110  8.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1343  MATE efflux family protein  27.29 
 
 		 464 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000317655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  25.95 
 
 		 454 aa  109  9.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  25.12 
 
 		 445 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  27.3 
 
 		 475 aa  109  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1106  MATE efflux family protein  27.08 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1088  efflux protein  27.08 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000024435  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1196  MATE efflux family protein  27.08 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000655029  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1266  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 464 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0901  MATE efflux family protein  26.55 
 
 		 463 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000627796  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4103  Na+ driven multidrug efflux pump  26.87 
 
 		 463 aa  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0660054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1239  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 464 aa  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.238085  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1082  efflux protein  27.11 
 
 		 464 aa  107  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000125629  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  26.75 
 
 		 451 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1305  MATE efflux family protein  26.65 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.40401  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3760  MATE efflux family protein  24.67 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  27.9 
 
 		 469 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  25.63 
 
 		 469 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  26.29 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.12 
 
 		 485 aa  104  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  26.29 
 
 		 451 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  28.32 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.27 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1067  MATE efflux family protein  24.82 
 
 		 453 aa  101  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000154468  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 477 aa  100  5e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3276  MATE efflux family protein  26.02 
 
 		 457 aa  100  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000381455  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0494  MATE efflux family protein  24.34 
 
 		 455 aa  100  7e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0475117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  24.81 
 
 		 468 aa  100  8e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000940  Na+ driven multidrug efflux pump  25 
 
 		 446 aa  99.8  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000926882  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.88 
 
 		 462 aa  99  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  25.17 
 
 		 499 aa  98.6  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5035  MATE efflux family protein  24.77 
 
 		 469 aa  97.8  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.88746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  25.06 
 
 		 452 aa  97.8  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  25.5 
 
 		 472 aa  97.4  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  30.25 
 
 		 477 aa  97.1  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  29.2 
 
 		 467 aa  97.1  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2343  MATE efflux family protein  26.76 
 
 		 464 aa  97.1  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000238189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  26 
 
 		 467 aa  97.1  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  29.55 
 
 		 465 aa  96.7  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1846  integral membrane protein, putative  25.42 
 
 		 469 aa  96.3  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563684  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1359  multi anti extrusion protein MatE  26.34 
 
 		 408 aa  96.7  9e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  25.12 
 
 		 469 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  25.12 
 
 		 469 aa  95.9  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  25.12 
 
 		 469 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1641  MATE efflux family protein  25.24 
 
 		 469 aa  95.9  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.725642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1899  putative MATE efflux protein  25.12 
 
 		 469 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00227155  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  25.84 
 
 		 481 aa  95.5  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  25.86 
 
 		 461 aa  95.5  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  26.01 
 
 		 453 aa  94.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  27.41 
 
 		 467 aa  94.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3019  MATE efflux family protein  24.86 
 
 		 453 aa  94  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000108454  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  25.22 
 
 		 463 aa  94  5e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1252  MATE efflux family protein  26.98 
 
 		 445 aa  93.6  6e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000131388  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.5 
 
 		 518 aa  93.2  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0299  MATE efflux family protein  23.83 
 
 		 456 aa  93.2  9e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000180901  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  27.56 
 
 		 457 aa  92.8  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  25 
 
 		 454 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>