91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2122 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  100 
 
 		 464 aa  952    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  78.44 
 
 		 457 aa  699    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  78.9 
 
 		 457 aa  702    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  55.9 
 
 		 470 aa  505  9.999999999999999e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  42.66 
 
 		 455 aa  334  2e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  27.79 
 
 		 644 aa  117  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  28.3 
 
 		 659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  25.68 
 
 		 668 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  23.91 
 
 		 706 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  24.39 
 
 		 704 aa  100  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  24.39 
 
 		 730 aa  99.8  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  24.39 
 
 		 704 aa  99.8  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  25.6 
 
 		 708 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  23.79 
 
 		 701 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  23.71 
 
 		 664 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  24.83 
 
 		 730 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  24.36 
 
 		 707 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  24.01 
 
 		 708 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  23.65 
 
 		 719 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  24.72 
 
 		 719 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  24.49 
 
 		 703 aa  90.9  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  23.08 
 
 		 743 aa  90.5  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  25.4 
 
 		 589 aa  90.1  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  23.52 
 
 		 729 aa  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  23.25 
 
 		 727 aa  89.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  24.03 
 
 		 718 aa  89  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  24.03 
 
 		 718 aa  88.2  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  23.17 
 
 		 730 aa  87.8  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  23.25 
 
 		 730 aa  87.8  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  23.29 
 
 		 728 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  23.48 
 
 		 733 aa  87.4  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  24.03 
 
 		 719 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  23.08 
 
 		 718 aa  86.7  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  23.77 
 
 		 721 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  23.3 
 
 		 719 aa  85.5  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1251  lipoprotein, putative  25.71 
 
 		 619 aa  84.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  21.54 
 
 		 621 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  23.09 
 
 		 752 aa  80.9  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  23.92 
 
 		 743 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  21.31 
 
 		 635 aa  71.6  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  21.97 
 
 		 635 aa  70.5  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  23.72 
 
 		 744 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6729  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.2 
 
 		 830 aa  68.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.577691  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  22.19 
 
 		 635 aa  68.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  21.23 
 
 		 615 aa  66.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  22.47 
 
 		 637 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3629  hypothetical protein  26.5 
 
 		 1276 aa  61.6  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  36.19 
 
 		 629 aa  61.6  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2068  hypothetical protein  24.42 
 
 		 728 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000291289  normal  0.0152831 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0906  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  31.03 
 
 		 765 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  22.96 
 
 		 629 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4079  hypothetical protein  22.66 
 
 		 876 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00459285  normal  0.104503 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2549  hypothetical protein  23.99 
 
 		 832 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207629  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1553  conserved hypothetical protein  22.13 
 
 		 998 aa  55.1  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1694  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  23.99 
 
 		 832 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000925009  normal  0.0597569 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0488  hypothetical protein  31.91 
 
 		 783 aa  54.7  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0512  hypothetical protein  31.91 
 
 		 783 aa  54.7  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  20.94 
 
 		 622 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  25.41 
 
 		 633 aa  54.3  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  21.76 
 
 		 657 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0057  hypothetical protein  22.81 
 
 		 952 aa  50.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.889998  hitchhiker  0.00629192 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.15 
 
 		 557 aa  50.4  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.43 
 
 		 633 aa  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5981  hypothetical protein  23.66 
 
 		 747 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1816  IcmO protein  29.35 
 
 		 792 aa  49.7  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  20.16 
 
 		 622 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3686  DotL  20.65 
 
 		 786 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00900266  normal  0.235831 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4680  protein of unknown function DUF853, NPT hydrolase putative  27.47 
 
 		 529 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0218814  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0366  IcmO  29.35 
 
 		 792 aa  48.9  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7330  type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  20.17 
 
 		 719 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000633696  decreased coverage  0.00000000626768 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6850  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  44.9 
 
 		 833 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0108098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  22.22 
 
 		 784 aa  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4099  protein of unknown function DUF853, NPT hydrolase putative  27.78 
 
 		 530 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0823505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  20.67 
 
 		 618 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8580  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.25 
 
 		 792 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.384634  normal  0.281416 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  20.67 
 
 		 618 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0122  putative type IV secretion system protein IcmO/DotL  34.29 
 
 		 934 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0314  hypothetical protein  21.2 
 
 		 425 aa  47  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  21.31 
 
 		 616 aa  46.6  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.94 
 
 		 708 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25990  predicted ATPase  24.58 
 
 		 540 aa  45.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.5 
 
 		 708 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12532  hypothetical protein  27.07 
 
 		 533 aa  45.1  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255447 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.5 
 
 		 708 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.5 
 
 		 708 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.5 
 
 		 707 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.5 
 
 		 708 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.2 
 
 		 602 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  25.87 
 
 		 635 aa  45.1  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1346  hypothetical protein  35.94 
 
 		 859 aa  43.9  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1070  hypothetical protein  41.07 
 
 		 452 aa  43.5  0.009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>