60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3012 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  57.12 
 
 		 743 aa  792    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  84.69 
 
 		 708 aa  1224    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  66.16 
 
 		 743 aa  964    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  76.74 
 
 		 718 aa  1088    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  63.35 
 
 		 706 aa  885    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  76.89 
 
 		 718 aa  1092    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  74.96 
 
 		 733 aa  1061    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  74.24 
 
 		 730 aa  1054    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  74.24 
 
 		 730 aa  1054    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  63.48 
 
 		 704 aa  870    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  75.18 
 
 		 730 aa  1075    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  55.29 
 
 		 664 aa  746    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  63.77 
 
 		 730 aa  885    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  64.06 
 
 		 704 aa  876    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  74.38 
 
 		 727 aa  1058    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  65.88 
 
 		 744 aa  967    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  100 
 
 		 701 aa  1439    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  75 
 
 		 719 aa  1070    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  69.45 
 
 		 719 aa  999    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  63.97 
 
 		 703 aa  899    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  73.98 
 
 		 719 aa  1048    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  56.94 
 
 		 708 aa  784    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  75 
 
 		 719 aa  1072    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  76.6 
 
 		 721 aa  1087    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  76.6 
 
 		 718 aa  1088    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  74.38 
 
 		 728 aa  1053    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  84.48 
 
 		 707 aa  1218    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  74.38 
 
 		 729 aa  1060    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  43.79 
 
 		 752 aa  569  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  38.29 
 
 		 668 aa  467  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  37.97 
 
 		 644 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  38.02 
 
 		 659 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0881  hypothetical protein  68.08 
 
 		 293 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1175  hypothetical protein  70.1 
 
 		 290 aa  293  8e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  31.17 
 
 		 637 aa  267  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  29.71 
 
 		 621 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  29.98 
 
 		 629 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  31.11 
 
 		 622 aa  253  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  31.3 
 
 		 622 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  31.88 
 
 		 618 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  31.88 
 
 		 618 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  28.22 
 
 		 615 aa  250  6e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6309  hypothetical protein  29.98 
 
 		 622 aa  238  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.800389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  29.39 
 
 		 635 aa  229  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  29.85 
 
 		 629 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  28.68 
 
 		 635 aa  219  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  28.33 
 
 		 635 aa  218  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  28.64 
 
 		 633 aa  216  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5224  hypothetical protein  26.92 
 
 		 650 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.571099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  25.12 
 
 		 635 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4264  hypothetical protein  24.18 
 
 		 624 aa  155  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000613459  normal  0.436086 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  23.79 
 
 		 464 aa  96.3  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  23.11 
 
 		 457 aa  92.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  23.65 
 
 		 457 aa  92  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  23.68 
 
 		 470 aa  84  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  24.17 
 
 		 455 aa  77.8  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.65 
 
 		 557 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  20.48 
 
 		 589 aa  58.9  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1251  lipoprotein, putative  31.4 
 
 		 619 aa  52.4  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2082  AAA ATPase  42.11 
 
 		 600 aa  44.3  0.007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.901274 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>