60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2336 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  68.39 
 
 		 744 aa  1041    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  74.6 
 
 		 708 aa  1067    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  68.94 
 
 		 743 aa  1049    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  60.69 
 
 		 706 aa  875    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  85.71 
 
 		 718 aa  1248    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  94.54 
 
 		 733 aa  1417    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  85.86 
 
 		 718 aa  1250    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  62.82 
 
 		 704 aa  889    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  96.71 
 
 		 730 aa  1402    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  97.12 
 
 		 730 aa  1407    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  62.39 
 
 		 730 aa  896    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  81.04 
 
 		 730 aa  1209    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  54.84 
 
 		 664 aa  750    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  62.82 
 
 		 704 aa  886    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  94.51 
 
 		 727 aa  1407    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  74.13 
 
 		 707 aa  1062    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  74.38 
 
 		 701 aa  1060    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  88.43 
 
 		 719 aa  1310    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  72.15 
 
 		 719 aa  1063    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  61.6 
 
 		 703 aa  892    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  86.27 
 
 		 719 aa  1293    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  55.65 
 
 		 708 aa  766    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  57.97 
 
 		 743 aa  805    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  85.57 
 
 		 719 aa  1253    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  83.73 
 
 		 721 aa  1219    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  96.3 
 
 		 728 aa  1432    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  86 
 
 		 718 aa  1256    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  100 
 
 		 729 aa  1488    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  43.41 
 
 		 752 aa  546  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  37.37 
 
 		 659 aa  460  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  38.06 
 
 		 644 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  37.61 
 
 		 668 aa  452  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1175  hypothetical protein  93.06 
 
 		 290 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0881  hypothetical protein  72.79 
 
 		 293 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  32.26 
 
 		 621 aa  290  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  29.88 
 
 		 637 aa  260  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  29.66 
 
 		 615 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  29.07 
 
 		 629 aa  247  6.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  29.68 
 
 		 635 aa  244  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  29.16 
 
 		 635 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  29.63 
 
 		 622 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  28.71 
 
 		 618 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  28.71 
 
 		 618 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  29.26 
 
 		 635 aa  231  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6309  hypothetical protein  29.05 
 
 		 622 aa  225  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.800389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  28.46 
 
 		 629 aa  223  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  27.34 
 
 		 633 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  29.25 
 
 		 622 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5224  hypothetical protein  27.7 
 
 		 650 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.571099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  27.66 
 
 		 635 aa  184  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4264  hypothetical protein  26 
 
 		 624 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000613459  normal  0.436086 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  23.52 
 
 		 464 aa  89.7  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  23.04 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  22.65 
 
 		 470 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  22.12 
 
 		 457 aa  84  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  23.69 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  21.98 
 
 		 589 aa  70.5  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.15 
 
 		 557 aa  62.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1251  lipoprotein, putative  29.6 
 
 		 619 aa  51.2  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  20.04 
 
 		 511 aa  44.3  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>