65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0066 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  100 
 
 		 621 aa  1284    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  40.8 
 
 		 615 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  37.78 
 
 		 629 aa  438  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  39.17 
 
 		 635 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  39.59 
 
 		 633 aa  419  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  37.74 
 
 		 635 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  37.72 
 
 		 629 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  32.48 
 
 		 618 aa  346  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  32.48 
 
 		 618 aa  346  8e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6309  hypothetical protein  34.13 
 
 		 622 aa  339  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.800389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  33.49 
 
 		 637 aa  338  2.9999999999999997e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5224  hypothetical protein  31.06 
 
 		 650 aa  336  5.999999999999999e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.571099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  33.12 
 
 		 622 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  32.85 
 
 		 622 aa  329  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  32.97 
 
 		 635 aa  318  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  32.15 
 
 		 743 aa  296  1e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  32.26 
 
 		 729 aa  290  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  32.09 
 
 		 727 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  31.93 
 
 		 733 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  31.93 
 
 		 728 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  32.02 
 
 		 719 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  31.76 
 
 		 730 aa  287  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  30.15 
 
 		 721 aa  287  5e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  31.76 
 
 		 730 aa  287  5e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  31.08 
 
 		 719 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  30.43 
 
 		 718 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  28.29 
 
 		 719 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  29.97 
 
 		 708 aa  284  4.0000000000000003e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  30.8 
 
 		 718 aa  284  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  30.91 
 
 		 719 aa  283  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  30.3 
 
 		 718 aa  281  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  29.71 
 
 		 635 aa  276  6e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  30.45 
 
 		 730 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  29.88 
 
 		 664 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  29.76 
 
 		 703 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  28.59 
 
 		 730 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  29.71 
 
 		 701 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  32 
 
 		 708 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  31.53 
 
 		 707 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  27.68 
 
 		 704 aa  261  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4264  hypothetical protein  31.11 
 
 		 624 aa  259  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000613459  normal  0.436086 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  27.35 
 
 		 743 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  28.91 
 
 		 706 aa  258  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  29.39 
 
 		 704 aa  258  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  28.62 
 
 		 744 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  28.87 
 
 		 752 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  27.37 
 
 		 668 aa  220  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  27.68 
 
 		 659 aa  218  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  27.42 
 
 		 644 aa  216  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0881  hypothetical protein  32.26 
 
 		 293 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  23.66 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  26.09 
 
 		 470 aa  98.6  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  22.2 
 
 		 457 aa  90.9  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  22.2 
 
 		 457 aa  90.1  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1175  hypothetical protein  35.76 
 
 		 290 aa  89.7  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  21.54 
 
 		 464 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  23.66 
 
 		 589 aa  76.6  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.56 
 
 		 557 aa  71.2  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1477  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  45.45 
 
 		 609 aa  51.6  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0124  mobilization protein  41.27 
 
 		 635 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.795434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2745  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.88 
 
 		 841 aa  45.4  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  30 
 
 		 763 aa  45.4  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.33 
 
 		 776 aa  45.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0122  putative type IV secretion system protein IcmO/DotL  35.71 
 
 		 934 aa  44.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1340  protein of unknown function DUF853 NPT hydrolase putative  33.33 
 
 		 515 aa  44.7  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>