60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4266 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  100 
 
 		 629 aa  1310    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  37.78 
 
 		 621 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5224  hypothetical protein  36.6 
 
 		 650 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.571099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  38.85 
 
 		 629 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  36.41 
 
 		 633 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  37.26 
 
 		 615 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  35.1 
 
 		 635 aa  365  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  36.39 
 
 		 635 aa  365  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  37.07 
 
 		 635 aa  359  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  35.52 
 
 		 622 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  34.43 
 
 		 622 aa  336  7e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  37.36 
 
 		 618 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  37.36 
 
 		 618 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6309  hypothetical protein  33.28 
 
 		 622 aa  330  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.800389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  32.67 
 
 		 637 aa  306  5.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  32.41 
 
 		 635 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4264  hypothetical protein  30.06 
 
 		 624 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000613459  normal  0.436086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  31.02 
 
 		 719 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  30.8 
 
 		 730 aa  270  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  30.44 
 
 		 706 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  31.35 
 
 		 703 aa  263  6.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  29.52 
 
 		 718 aa  261  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  30.5 
 
 		 704 aa  262  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  29.61 
 
 		 719 aa  260  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  30.45 
 
 		 701 aa  260  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  29.82 
 
 		 733 aa  260  5.0000000000000005e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  28.94 
 
 		 743 aa  259  9e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  28.96 
 
 		 719 aa  259  9e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  30.3 
 
 		 704 aa  258  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  29.59 
 
 		 708 aa  258  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  29.37 
 
 		 718 aa  257  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  29.37 
 
 		 718 aa  256  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  29.22 
 
 		 728 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  30.47 
 
 		 708 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  29.75 
 
 		 730 aa  256  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  29.22 
 
 		 730 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  29.22 
 
 		 730 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  29.22 
 
 		 729 aa  254  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  29.97 
 
 		 721 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  30.17 
 
 		 707 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  29.22 
 
 		 727 aa  252  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  28.66 
 
 		 719 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  28.57 
 
 		 744 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  27.93 
 
 		 743 aa  239  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  28.66 
 
 		 664 aa  236  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  26.57 
 
 		 659 aa  216  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  26.88 
 
 		 752 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  26.22 
 
 		 644 aa  208  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  26.71 
 
 		 668 aa  207  6e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0881  hypothetical protein  33.18 
 
 		 293 aa  103  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  24.42 
 
 		 455 aa  99.8  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  21.11 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  22.95 
 
 		 470 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1175  hypothetical protein  30.56 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  35.51 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  36.19 
 
 		 464 aa  62  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.86 
 
 		 557 aa  46.2  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  22.22 
 
 		 589 aa  45.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1251  lipoprotein, putative  36.14 
 
 		 619 aa  44.7  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1477  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.72 
 
 		 609 aa  44.3  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>