56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6309 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010087  Bmul_5613  hypothetical protein  67.95 
 
 		 622 aa  889    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6502  hypothetical protein  70.51 
 
 		 622 aa  896    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571397  normal  0.732963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1518  hypothetical protein  71.73 
 
 		 618 aa  938    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.328078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6309  hypothetical protein  100 
 
 		 622 aa  1291    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.800389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5183  hypothetical protein  71.73 
 
 		 618 aa  938    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4330  hypothetical protein  38.72 
 
 		 637 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.930628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3750  hypothetical protein  36.74 
 
 		 635 aa  392  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  34.13 
 
 		 621 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4266  hypothetical protein  33.54 
 
 		 629 aa  331  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2815  type IV conjugative transfer system protein TraD  32.57 
 
 		 615 aa  320  5e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2307  hypothetical protein  31.57 
 
 		 635 aa  291  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2598  hypothetical protein  31.52 
 
 		 635 aa  289  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.887082  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1549  hypothetical protein  31 
 
 		 633 aa  287  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.167533  normal  0.131321 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4741  hypothetical protein  31.94 
 
 		 629 aa  286  9e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.404612 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5224  hypothetical protein  30.41 
 
 		 650 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.571099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4264  hypothetical protein  28.41 
 
 		 624 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000613459  normal  0.436086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1454  hypothetical protein  30.56 
 
 		 719 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3012  hypothetical protein  29.57 
 
 		 701 aa  243  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5471  hypothetical protein  30 
 
 		 635 aa  243  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.170815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0645  TraG-family protein  30.76 
 
 		 703 aa  242  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1751  hypothetical protein  29.11 
 
 		 743 aa  239  8e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2208  hypothetical protein  30.37 
 
 		 718 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395932  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3937  hypothetical protein  28.27 
 
 		 664 aa  236  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  29.38 
 
 		 708 aa  236  9e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3718  hypothetical protein  30.24 
 
 		 706 aa  236  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.387295  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3305  hypothetical protein  30.7 
 
 		 707 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.705232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0963  hypothetical protein  30.63 
 
 		 718 aa  233  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969966  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59690  hypothetical protein  29.33 
 
 		 744 aa  233  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000194089  decreased coverage  4.4297400000000005e-19 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2845  hypothetical protein  29.94 
 
 		 721 aa  232  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2380  hypothetical protein  30.07 
 
 		 718 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.248119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2934  hypothetical protein  30.18 
 
 		 708 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4501  TraG/TraD family protein  28.63 
 
 		 743 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1638  hypothetical protein  28.7 
 
 		 719 aa  230  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4169  hypothetical protein  28.44 
 
 		 727 aa  229  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0673  hypothetical protein  30.13 
 
 		 719 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4096  putative plasmid transfer protein  30.62 
 
 		 730 aa  228  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0448  hypothetical protein  29.85 
 
 		 719 aa  227  6e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0326  putative plasmid transfer protein  30.02 
 
 		 704 aa  226  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4179  putative plasmid transfer protein  29.9 
 
 		 704 aa  226  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2336  hypothetical protein  29.05 
 
 		 729 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000037751  unclonable  0.000000407207 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1408  hypothetical protein  29.33 
 
 		 730 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.950579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1274  hypothetical protein  29.33 
 
 		 730 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  28.91 
 
 		 728 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3414  hypothetical protein  29.14 
 
 		 733 aa  223  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41428  normal  0.0672009 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0527  hypothetical protein  30.32 
 
 		 730 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  27.54 
 
 		 752 aa  208  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1055  hypothetical protein  28.27 
 
 		 659 aa  185  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1016  hypothetical protein  27.5 
 
 		 644 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2398  hypothetical protein  27.09 
 
 		 668 aa  181  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0881  hypothetical protein  35.91 
 
 		 293 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1175  hypothetical protein  30.2 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  22.12 
 
 		 455 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0738  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.25 
 
 		 557 aa  63.9  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  22.78 
 
 		 589 aa  48.5  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  21.02 
 
 		 457 aa  43.5  0.01  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3686  DotL  27.45 
 
 		 786 aa  43.5  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00900266  normal  0.235831 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>