33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0906 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0906  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 765 aa  1511    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2068  hypothetical protein  37.37 
 
 		 728 aa  293  8e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000291289  normal  0.0152831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4079  hypothetical protein  36.57 
 
 		 876 aa  263  6e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00459285  normal  0.104503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7330  type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  33.18 
 
 		 719 aa  260  5.0000000000000005e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000633696  decreased coverage  0.00000000626768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6729  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  38.92 
 
 		 830 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.577691  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1436  hypothetical protein  34.77 
 
 		 737 aa  234  5e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0188035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6850  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  37.05 
 
 		 833 aa  232  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0108098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8580  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  34.03 
 
 		 792 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.384634  normal  0.281416 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2549  hypothetical protein  33.87 
 
 		 832 aa  223  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2745  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.88 
 
 		 841 aa  221  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1694  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  34.55 
 
 		 832 aa  207  4e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000925009  normal  0.0597569 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0314  hypothetical protein  32.2 
 
 		 425 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0295  hypothetical protein  29.22 
 
 		 400 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.690441  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5953  hypothetical protein  27.71 
 
 		 751 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5981  hypothetical protein  26.99 
 
 		 747 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5107  hypothetical protein  27.46 
 
 		 991 aa  107  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.286492  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3174  hypothetical protein  25.62 
 
 		 1009 aa  96.7  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2031  hypothetical protein  35.25 
 
 		 205 aa  94.7  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.671981 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3629  hypothetical protein  22.88 
 
 		 1276 aa  84.3  0.000000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0069  hypothetical protein  28.91 
 
 		 969 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0314244  hitchhiker  0.0000262699 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1027  hypothetical protein  24.87 
 
 		 791 aa  78.6  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0342  hypothetical protein  22.65 
 
 		 742 aa  78.2  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460096 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4007  hypothetical protein  27.39 
 
 		 976 aa  77  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.109226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  20.62 
 
 		 457 aa  60.1  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  31.03 
 
 		 464 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  20.72 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3798  TraG family protein  22.25 
 
 		 470 aa  53.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2294  hypothetical protein  33.33 
 
 		 411 aa  48.1  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.147546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2966  hypothetical protein  25.93 
 
 		 1187 aa  46.2  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  47.5 
 
 		 455 aa  46.2  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2764  hypothetical protein  42.31 
 
 		 752 aa  46.6  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3017  hypothetical protein  22.89 
 
 		 828 aa  44.7  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1195  hypothetical protein  32.88 
 
 		 728 aa  43.9  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>