36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1694 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1694  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 832 aa  1622    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000925009  normal  0.0597569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4079  hypothetical protein  51.15 
 
 		 876 aa  664    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00459285  normal  0.104503 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2745  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  84.85 
 
 		 841 aa  1235    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2549  hypothetical protein  93.63 
 
 		 832 aa  1365    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6729  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  53.13 
 
 		 830 aa  624  1e-177  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.577691  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6850  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  45.79 
 
 		 833 aa  603  1.0000000000000001e-171  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0108098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8580  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  43.93 
 
 		 792 aa  583  1.0000000000000001e-165  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.384634  normal  0.281416 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2068  hypothetical protein  37.3 
 
 		 728 aa  228  4e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000291289  normal  0.0152831 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0906  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  33.87 
 
 		 765 aa  221  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7330  type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.78 
 
 		 719 aa  195  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000633696  decreased coverage  0.00000000626768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0314  hypothetical protein  31 
 
 		 425 aa  171  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1436  hypothetical protein  35 
 
 		 737 aa  169  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0188035  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0295  hypothetical protein  29.13 
 
 		 400 aa  144  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.690441  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5953  hypothetical protein  30.23 
 
 		 751 aa  141  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5981  hypothetical protein  29.16 
 
 		 747 aa  127  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5107  hypothetical protein  25.9 
 
 		 991 aa  111  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.286492  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2031  hypothetical protein  34.42 
 
 		 205 aa  95.1  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.671981 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0069  hypothetical protein  28.78 
 
 		 969 aa  93.6  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0314244  hitchhiker  0.0000262699 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4007  hypothetical protein  27.41 
 
 		 976 aa  90.9  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.109226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3629  hypothetical protein  22.92 
 
 		 1276 aa  86.3  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0342  hypothetical protein  26.08 
 
 		 742 aa  82.4  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460096 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3174  hypothetical protein  24.44 
 
 		 1009 aa  71.2  0.00000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0297  hypothetical protein  22.49 
 
 		 1123 aa  67.8  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1449  hypothetical protein  25.75 
 
 		 1319 aa  61.6  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.331748  normal  0.0633529 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  23.66 
 
 		 464 aa  54.3  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2966  hypothetical protein  26.36 
 
 		 1187 aa  53.5  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1183  hypothetical protein  24.43 
 
 		 811 aa  51.2  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0064  TraG/TraD family conjugal transfer protein  28.17 
 
 		 1109 aa  49.7  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1027  hypothetical protein  21.31 
 
 		 791 aa  49.3  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0064  conjugation protein, TraG/TraD family  28.17 
 
 		 1166 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0093  conjugation protein, TraG/TraD family  28.17 
 
 		 1166 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0073  TraG/TraD family protein  28.17 
 
 		 1166 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0221  TraG/TraD family conjugal transfer protein  26.88 
 
 		 1025 aa  48.1  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0124  mobilization protein  23.37 
 
 		 635 aa  45.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.795434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  39.29 
 
 		 457 aa  45.8  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  39.29 
 
 		 457 aa  45.4  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>