More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0609 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0609  histidine kinase  100 
 
 		 1016 aa  2106    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2193  histidine kinase  27.38 
 
 		 1035 aa  375  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2334  histidine kinase  26.77 
 
 		 1052 aa  263  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  21.41 
 
 		 1370 aa  124  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  23.63 
 
 		 1344 aa  121  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.6 
 
 		 1498 aa  119  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.34 
 
 		 1414 aa  118  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  20.29 
 
 		 1334 aa  117  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.58 
 
 		 1335 aa  111  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  23.25 
 
 		 1298 aa  111  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.36 
 
 		 1373 aa  110  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.06 
 
 		 1363 aa  109  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  22.19 
 
 		 1118 aa  108  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  23.59 
 
 		 1378 aa  108  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.85 
 
 		 1181 aa  107  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.79 
 
 		 1313 aa  106  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  21.95 
 
 		 1400 aa  105  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  21.28 
 
 		 1340 aa  105  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  21.74 
 
 		 1311 aa  103  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0345  histidine kinase  31.25 
 
 		 454 aa  103  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0306383  normal  0.0156916 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  20.45 
 
 		 1526 aa  102  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  20.88 
 
 		 1185 aa  102  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  22.12 
 
 		 1005 aa  102  5e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  26.14 
 
 		 1114 aa  101  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  20.88 
 
 		 1384 aa  100  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  22.94 
 
 		 1355 aa  99  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.69 
 
 		 1374 aa  98.6  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.54 
 
 		 1093 aa  98.6  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  21.61 
 
 		 1378 aa  98.2  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.36 
 
 		 1024 aa  97.8  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.79 
 
 		 1086 aa  97.4  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  22.4 
 
 		 1175 aa  97.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  21.39 
 
 		 1407 aa  96.3  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.44 
 
 		 1397 aa  95.5  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  21.31 
 
 		 1342 aa  94.7  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  23.33 
 
 		 1418 aa  94.7  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.06 
 
 		 1258 aa  94  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  23.35 
 
 		 1074 aa  94  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  21.92 
 
 		 1190 aa  93.2  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  24.82 
 
 		 946 aa  92.8  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  22.12 
 
 		 1346 aa  92  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  21.83 
 
 		 1179 aa  91.7  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  22.74 
 
 		 1355 aa  91.3  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  22.29 
 
 		 1306 aa  90.9  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  21.01 
 
 		 1374 aa  90.5  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 1004 aa  90.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  23.55 
 
 		 976 aa  89.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  21.53 
 
 		 1017 aa  89  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  22.4 
 
 		 1343 aa  88.6  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  21.14 
 
 		 1396 aa  87.8  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  22.17 
 
 		 1105 aa  87.4  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  24.87 
 
 		 1366 aa  87.8  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5226  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 		 388 aa  87  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  21.22 
 
 		 1030 aa  87  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  22.87 
 
 		 1366 aa  86.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.75 
 
 		 1404 aa  85.9  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  25 
 
 		 1008 aa  85.5  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 1349 aa  85.1  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  21.33 
 
 		 921 aa  84.7  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.271486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  23.48 
 
 		 1054 aa  84  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  24.92 
 
 		 1075 aa  83.2  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.7 
 
 		 1211 aa  82.8  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2797  histidine kinase  23.9 
 
 		 583 aa  82.8  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1846  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 		 463 aa  82.4  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000887504  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4148  histidine kinase  23.72 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.425201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4800  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3368  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0512  histidine kinase  30.66 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0265  sensor histidine kinase  26.52 
 
 		 697 aa  81.6  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  22.29 
 
 		 1070 aa  81.6  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  20.38 
 
 		 1351 aa  81.6  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5276  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 		 579 aa  81.6  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.606728  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  20.84 
 
 		 1316 aa  81.6  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  30.32 
 
 		 660 aa  81.3  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 1341 aa  81.6  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  24.32 
 
 		 1327 aa  80.5  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5145  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  22.22 
 
 		 603 aa  80.9  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4246  histidine kinase  22.25 
 
 		 1280 aa  80.5  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.921248  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.32 
 
 		 1373 aa  80.1  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.99 
 
 		 1453 aa  80.5  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.3 
 
 		 1079 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2888  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.13 
 
 		 606 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  21.15 
 
 		 1084 aa  79  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  22.91 
 
 		 967 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  22.97 
 
 		 985 aa  78.2  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  21.51 
 
 		 1013 aa  78.2  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  22.42 
 
 		 1036 aa  78.2  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  23.58 
 
 		 1182 aa  77.4  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3717  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.75 
 
 		 663 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143813 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  21.02 
 
 		 1070 aa  76.6  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3287  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 584 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3302  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.73 
 
 		 606 aa  77  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00552774 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0803  histidine kinase  26.16 
 
 		 718 aa  77  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0571523  hitchhiker  0.00843936 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.94 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3605  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.64 
 
 		 610 aa  76.3  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.796778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2670  histidine kinase  25.36 
 
 		 352 aa  76.3  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  21.5 
 
 		 975 aa  76.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1344  histidine kinase  26.94 
 
 		 696 aa  75.5  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5222  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.86 
 
 		 601 aa  75.1  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.747802  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>