More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1731 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
378 aa  735    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  45.66 
 
 
443 aa  166  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  43.52 
 
 
402 aa  161  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  46.58 
 
 
378 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  38.9 
 
 
362 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  43.27 
 
 
453 aa  158  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 
456 aa  153  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  45.33 
 
 
378 aa  143  5e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  38.99 
 
 
454 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.7 
 
 
750 aa  138  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  40.26 
 
 
382 aa  132  6.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.98 
 
 
419 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  38.36 
 
 
475 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  37.9 
 
 
485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
447 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.86 
 
 
419 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.71 
 
 
409 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  39.81 
 
 
432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.69 
 
 
632 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.79 
 
 
710 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  44.22 
 
 
244 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  37.14 
 
 
413 aa  123  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
590 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 
372 aa  122  9e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  36.28 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  33.65 
 
 
429 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.87 
 
 
447 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 
385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
375 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.55 
 
 
582 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  37.26 
 
 
425 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 
592 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  36.86 
 
 
392 aa  119  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  37.66 
 
 
601 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.21 
 
 
475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.44 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
583 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  36.45 
 
 
410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.19 
 
 
584 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
585 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 
584 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
584 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
583 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.85 
 
 
284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.24 
 
 
703 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.79 
 
 
407 aa  113  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
585 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
585 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.5 
 
 
766 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
585 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.08 
 
 
605 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
786 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.33 
 
 
596 aa  111  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3045  sensory box/GGDEF family protein  34.8 
 
 
367 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  34.67 
 
 
847 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.89 
 
 
797 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
352 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
580 aa  110  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
753 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
581 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.16 
 
 
357 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.51 
 
 
727 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0619898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 
584 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
572 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0819  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
793 aa  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00766455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 
584 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.58 
 
 
351 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.29 
 
 
409 aa  106  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
306 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.32 
 
 
590 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 
371 aa  105  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
590 aa  106  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.44 
 
 
590 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.3 
 
 
782 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
883 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
598 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 
599 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
773 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.03 
 
 
367 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  37.79 
 
 
250 aa  102  8e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 
689 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.89 
 
 
239 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  38.57 
 
 
442 aa  101  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.89 
 
 
783 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.39 
 
 
437 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  32.73 
 
 
256 aa  99.8  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.93 
 
 
283 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.4 
 
 
256 aa  99.8  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  33.59 
 
 
262 aa  99.4  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.69 
 
 
606 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
469 aa  99.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.96 
 
 
868 aa  98.2  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  36.96 
 
 
249 aa  98.6  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
653 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 
730 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000107704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  32.3 
 
 
800 aa  97.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
515 aa  96.3  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>