More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0467 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  100 
 
 
351 aa  731    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  36.57 
 
 
356 aa  227  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
367 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  34.94 
 
 
371 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 
357 aa  211  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 
352 aa  209  4e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  35.69 
 
 
340 aa  203  4e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.59 
 
 
734 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  39.56 
 
 
255 aa  189  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  41.34 
 
 
360 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  41.34 
 
 
362 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  39.65 
 
 
257 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.39 
 
 
592 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 
259 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  38.94 
 
 
254 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  37.44 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
584 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  39.38 
 
 
332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  37.19 
 
 
584 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.69 
 
 
797 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  37.61 
 
 
257 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.19 
 
 
583 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  37.44 
 
 
260 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.19 
 
 
583 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
584 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  38.36 
 
 
475 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.01 
 
 
883 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 
306 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  36.25 
 
 
256 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  39.11 
 
 
266 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
584 aa  169  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.15 
 
 
379 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.73 
 
 
357 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
585 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
585 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
585 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 
252 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
585 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35 
 
 
590 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
596 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
262 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 
581 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  37.07 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.15 
 
 
590 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.29 
 
 
582 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
254 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
766 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.57 
 
 
256 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  34.87 
 
 
257 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
590 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
632 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
611 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.98 
 
 
584 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 
259 aa  160  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  38.01 
 
 
257 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
572 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 
601 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
753 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 
605 aa  159  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 
265 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  34.51 
 
 
257 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 
265 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  37.33 
 
 
259 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
258 aa  157  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.19 
 
 
283 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
263 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
257 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  37 
 
 
249 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
590 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
257 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
773 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
786 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  36.94 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
257 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
258 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  36.29 
 
 
413 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  36.04 
 
 
258 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
580 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  32.6 
 
 
253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
259 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.31 
 
 
284 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
606 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.96 
 
 
806 aa  142  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  34.07 
 
 
409 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  31.58 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
599 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  32.73 
 
 
248 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 
485 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.35 
 
 
437 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
633 aa  131  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
610 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  33.73 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
449 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  32.64 
 
 
431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  34.82 
 
 
266 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  33.65 
 
 
224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.307783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>