More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4968 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  100 
 
 
447 aa  886    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  44.99 
 
 
432 aa  304  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  49.87 
 
 
442 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  44.21 
 
 
403 aa  280  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.47 
 
 
411 aa  279  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  43.1 
 
 
475 aa  270  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  37.31 
 
 
413 aa  229  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  37.3 
 
 
425 aa  229  9e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.95 
 
 
454 aa  229  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.99 
 
 
703 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.75 
 
 
422 aa  223  7e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.77 
 
 
710 aa  216  8e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.65 
 
 
409 aa  212  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.64 
 
 
750 aa  207  4e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  33.69 
 
 
429 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.25 
 
 
419 aa  201  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.25 
 
 
419 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  44.92 
 
 
402 aa  190  4e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.66 
 
 
407 aa  180  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  41.69 
 
 
385 aa  178  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  38.59 
 
 
485 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  40.25 
 
 
410 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  42.06 
 
 
475 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  39.91 
 
 
352 aa  151  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  32.87 
 
 
447 aa  146  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.64 
 
 
753 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.99 
 
 
786 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  38.4 
 
 
375 aa  136  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
773 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  39.84 
 
 
366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  36.72 
 
 
443 aa  126  7e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  42.66 
 
 
362 aa  126  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
632 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  39.63 
 
 
382 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.94 
 
 
883 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.45 
 
 
596 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.02 
 
 
584 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
584 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.5 
 
 
456 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
583 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
797 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.11 
 
 
582 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
437 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
583 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
584 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.76 
 
 
584 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  29.97 
 
 
568 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
606 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.19 
 
 
584 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.64 
 
 
592 aa  120  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.27 
 
 
590 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 
612 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.03 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 
475 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1361  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.1 
 
 
746 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 
306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
262 aa  117  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.63 
 
 
357 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
580 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
612 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.54 
 
 
409 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.89 
 
 
601 aa  117  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
613 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.77 
 
 
590 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
594 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 
766 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  37.83 
 
 
453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
594 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.65 
 
 
567 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
613 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
613 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  39.83 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  34.4 
 
 
578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  39.3 
 
 
332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.12 
 
 
599 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
723 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 
612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.86 
 
 
615 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  29.39 
 
 
567 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
581 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  30.84 
 
 
567 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35.91 
 
 
372 aa  113  6e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  30.52 
 
 
567 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
790 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
806 aa  113  9e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.865886  normal  0.0522815 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
611 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.03 
 
 
856 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
616 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.94 
 
 
515 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 
590 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>