More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0617 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.52 
 
 
797 aa  1004    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.16 
 
 
753 aa  779    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.72 
 
 
766 aa  861    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
883 aa  1806    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.42 
 
 
786 aa  674    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.7 
 
 
773 aa  610  1e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
632 aa  354  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.03 
 
 
590 aa  351  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 
581 aa  347  6e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  34.85 
 
 
590 aa  346  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.44 
 
 
601 aa  346  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.8 
 
 
596 aa  340  7e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
590 aa  339  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
584 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.32 
 
 
582 aa  337  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.85 
 
 
592 aa  334  5e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 
572 aa  326  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33 
 
 
599 aa  322  9.999999999999999e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.47 
 
 
584 aa  322  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
585 aa  322  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.28 
 
 
585 aa  320  6e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.83 
 
 
584 aa  320  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.11 
 
 
585 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.15 
 
 
590 aa  317  7e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  317  9e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.4 
 
 
583 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
585 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.57 
 
 
583 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.52 
 
 
584 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 
605 aa  304  6.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
606 aa  295  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
580 aa  293  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
611 aa  271  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 
633 aa  266  1e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.27 
 
 
599 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 
627 aa  254  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.73 
 
 
1023 aa  253  9.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
594 aa  252  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
594 aa  252  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
616 aa  250  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  30.34 
 
 
590 aa  249  2e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 
633 aa  247  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 
598 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
610 aa  245  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
616 aa  244  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.72 
 
 
637 aa  243  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.19 
 
 
676 aa  242  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
613 aa  239  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.26 
 
 
603 aa  235  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
610 aa  234  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
587 aa  234  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.43 
 
 
613 aa  226  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.08 
 
 
612 aa  224  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.05 
 
 
615 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.5 
 
 
1036 aa  222  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.05 
 
 
613 aa  222  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.05 
 
 
613 aa  222  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
612 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
612 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.66 
 
 
409 aa  207  7e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
806 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  38.76 
 
 
379 aa  201  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 
357 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 
306 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  31.68 
 
 
437 aa  187  9e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.82 
 
 
594 aa  185  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  41.03 
 
 
475 aa  180  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  32.13 
 
 
353 aa  177  7e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.01 
 
 
351 aa  171  5e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.57 
 
 
734 aa  171  5e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 
443 aa  171  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.96 
 
 
443 aa  171  7e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  36.6 
 
 
284 aa  169  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 
310 aa  167  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.13 
 
 
367 aa  163  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.79 
 
 
565 aa  161  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.02 
 
 
552 aa  160  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.99 
 
 
710 aa  159  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 
318 aa  158  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  40.37 
 
 
332 aa  154  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
256 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.01 
 
 
402 aa  152  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 
441 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 
304 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.02 
 
 
409 aa  149  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 
413 aa  149  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  37 
 
 
413 aa  148  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  38.42 
 
 
436 aa  148  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.38 
 
 
362 aa  148  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
442 aa  148  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.38 
 
 
360 aa  147  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  35.96 
 
 
340 aa  147  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35.17 
 
 
352 aa  147  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  39.47 
 
 
462 aa  147  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  38.25 
 
 
266 aa  147  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 
254 aa  146  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 
410 aa  146  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  31.58 
 
 
343 aa  144  7e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  37.25 
 
 
416 aa  144  8e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  36.8 
 
 
454 aa  143  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>