More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0350 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
606 aa  1233    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
611 aa  479  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.92 
 
 
616 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.9 
 
 
616 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  42.06 
 
 
590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  41.88 
 
 
590 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.2 
 
 
584 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.28 
 
 
610 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.46 
 
 
633 aa  438  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.8 
 
 
632 aa  438  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.81 
 
 
596 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
612 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
610 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 
592 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
587 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
612 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 
612 aa  425  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.74 
 
 
613 aa  422  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.55 
 
 
615 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.72 
 
 
613 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.72 
 
 
613 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
637 aa  419  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  38.44 
 
 
584 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  40.17 
 
 
582 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
598 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.75 
 
 
613 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.26 
 
 
584 aa  411  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.57 
 
 
627 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.11 
 
 
594 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.11 
 
 
594 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 
581 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.22 
 
 
676 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.26 
 
 
585 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
590 aa  405  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.22 
 
 
583 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
583 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 
601 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
584 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.5 
 
 
585 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.33 
 
 
585 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.67 
 
 
585 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
590 aa  398  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
584 aa  396  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
572 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.48 
 
 
580 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.16 
 
 
599 aa  379  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
605 aa  332  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.81 
 
 
773 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
883 aa  310  5e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
797 aa  306  7e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
786 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
766 aa  299  8e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.32 
 
 
753 aa  294  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  36.23 
 
 
409 aa  252  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
353 aa  249  7e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  44.17 
 
 
357 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  43.87 
 
 
379 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  44.03 
 
 
306 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.55 
 
 
633 aa  221  1.9999999999999999e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 
599 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.6 
 
 
1023 aa  210  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.89 
 
 
1036 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  43.33 
 
 
284 aa  203  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30 
 
 
603 aa  191  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1422  diguanylate phosphodiesterase  44.53 
 
 
261 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.415958  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.72 
 
 
590 aa  189  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
594 aa  166  9e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 
565 aa  163  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.21 
 
 
806 aa  162  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.44 
 
 
734 aa  153  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  35.57 
 
 
254 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.47 
 
 
351 aa  151  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 
475 aa  148  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.73 
 
 
441 aa  146  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.49 
 
 
703 aa  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 
437 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.02 
 
 
367 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  44.12 
 
 
245 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
318 aa  140  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.91 
 
 
385 aa  137  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  34.89 
 
 
429 aa  133  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  35.47 
 
 
475 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  35.15 
 
 
425 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 
443 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 
304 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  36.08 
 
 
382 aa  127  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 
410 aa  127  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 
402 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
848 aa  127  9e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.71 
 
 
710 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.66 
 
 
360 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.17 
 
 
362 aa  125  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
310 aa  125  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  34 
 
 
485 aa  124  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  32.63 
 
 
356 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 
443 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.99 
 
 
411 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  29.73 
 
 
594 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 
412 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>