More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4854 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 594 aa  1204    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 594 aa  1204    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.9 
 
 		 616 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.6 
 
 		 616 aa  653    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.56 
 
 		 613 aa  645    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.13 
 
 		 612 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.97 
 
 		 612 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.97 
 
 		 612 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.13 
 
 		 615 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.13 
 
 		 613 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.13 
 
 		 613 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.13 
 
 		 613 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.09 
 
 		 676 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.81 
 
 		 610 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.65 
 
 		 587 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 		 610 aa  513  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 		 633 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.83 
 
 		 598 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.6 
 
 		 637 aa  491  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 		 627 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.05 
 
 		 606 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.32 
 
 		 611 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.64 
 
 		 596 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  38.2 
 
 		 590 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  38.2 
 
 		 590 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.28 
 
 		 632 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.9 
 
 		 590 aa  372  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.59 
 
 		 592 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.23 
 
 		 601 aa  359  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.49 
 
 		 582 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 584 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.28 
 
 		 581 aa  347  5e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.67 
 
 		 584 aa  346  8.999999999999999e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.66 
 
 		 585 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.85 
 
 		 585 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 		 585 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 		 584 aa  340  5e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 		 572 aa  335  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 		 583 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 		 583 aa  332  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.66 
 
 		 585 aa  330  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.44 
 
 		 584 aa  329  7e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.85 
 
 		 580 aa  329  9e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 590 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 		 584 aa  324  3e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.87 
 
 		 599 aa  323  4e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.69 
 
 		 605 aa  291  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.32 
 
 		 753 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.24 
 
 		 773 aa  262  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 		 883 aa  260  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  78.82 
 
 		 245 aa  259  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 		 797 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.92 
 
 		 766 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  28.96 
 
 		 603 aa  244  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.83 
 
 		 786 aa  240  5e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 353 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.5 
 
 		 409 aa  233  6e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.05 
 
 		 599 aa  228  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 		 633 aa  203  7e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  44.58 
 
 		 254 aa  197  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.35 
 
 		 306 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 		 357 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.1 
 
 		 379 aa  180  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  25.54 
 
 		 590 aa  180  7e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.76 
 
 		 594 aa  177  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 		 565 aa  175  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.38 
 
 		 1023 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.29 
 
 		 1036 aa  160  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.66 
 
 		 806 aa  148  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  36.04 
 
 		 284 aa  143  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 		 437 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.75 
 
 		 475 aa  135  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.31 
 
 		 734 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.58 
 
 		 362 aa  127  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.58 
 
 		 360 aa  127  6e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  34.93 
 
 		 594 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.47 
 
 		 413 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.18 
 
 		 239 aa  118  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 		 367 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 		 255 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.32 
 
 		 447 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0590  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 		 227 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3134  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 		 227 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 246 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 246 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 424 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 441 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3125  protein serine/threonine phosphatase  29.6 
 
 		 411 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 		 266 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 371 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 340 aa  112  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  37.39 
 
 		 249 aa  112  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 318 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 262 aa  111  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 259 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 		 285 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 439 aa  110  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>