More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_0894 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
605 aa  1231    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  44.94 
 
 
592 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 
584 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  42.46 
 
 
601 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  41.91 
 
 
582 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
632 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  41.36 
 
 
590 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  40.81 
 
 
590 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 
596 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.94 
 
 
581 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  37.46 
 
 
584 aa  385  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
585 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.99 
 
 
583 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.18 
 
 
583 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.62 
 
 
585 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
585 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 
584 aa  378  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
585 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.99 
 
 
584 aa  378  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.01 
 
 
599 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.64 
 
 
572 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.99 
 
 
590 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  37.87 
 
 
584 aa  365  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
590 aa  362  1e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.48 
 
 
611 aa  358  9.999999999999999e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 
580 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
606 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.66 
 
 
633 aa  316  9e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 
598 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.68 
 
 
610 aa  311  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.45 
 
 
627 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 
883 aa  304  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.84 
 
 
409 aa  296  7e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.66 
 
 
773 aa  296  7e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 
637 aa  295  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
797 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
766 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 
616 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.56 
 
 
613 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 
786 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.87 
 
 
616 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 
676 aa  281  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
594 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
594 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
612 aa  275  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
753 aa  274  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 
613 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 
613 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
612 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
612 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.27 
 
 
615 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.39 
 
 
613 aa  270  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.98 
 
 
610 aa  263  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.18 
 
 
587 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  42.63 
 
 
357 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  42.49 
 
 
379 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
633 aa  243  7.999999999999999e-63  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
599 aa  240  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  41.53 
 
 
306 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  28.6 
 
 
590 aa  227  6e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.51 
 
 
603 aa  219  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  39.7 
 
 
284 aa  204  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.94 
 
 
1036 aa  201  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
806 aa  197  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.83 
 
 
594 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
353 aa  189  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.47 
 
 
1023 aa  183  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  37.96 
 
 
475 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  39 
 
 
367 aa  163  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  32.63 
 
 
351 aa  159  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  38.98 
 
 
416 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.88 
 
 
565 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  36.91 
 
 
437 aa  154  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
413 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  38.14 
 
 
352 aa  154  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 
356 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.89 
 
 
734 aa  150  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  37.16 
 
 
258 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 
291 aa  142  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  37.16 
 
 
258 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  39.91 
 
 
340 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
254 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 
256 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.16 
 
 
239 aa  140  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  39.26 
 
 
371 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.66 
 
 
362 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
254 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.66 
 
 
360 aa  136  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 
332 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  38.46 
 
 
249 aa  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  35.2 
 
 
257 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
263 aa  134  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  30 
 
 
818 aa  133  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 
255 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
431 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.8 
 
 
743 aa  130  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  38.46 
 
 
357 aa  130  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  28.25 
 
 
814 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 
250 aa  129  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  38.57 
 
 
361 aa  128  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>