More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1320 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  74.44 
 
 		 582 aa  883    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  76.68 
 
 		 590 aa  920    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  76.17 
 
 		 590 aa  906    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.27 
 
 		 596 aa  946    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 584 aa  1179    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  69.08 
 
 		 592 aa  813    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  75.13 
 
 		 601 aa  892    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.51 
 
 		 590 aa  488  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 		 584 aa  463  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 		 632 aa  462  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  43.18 
 
 		 584 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.91 
 
 		 585 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.91 
 
 		 585 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.22 
 
 		 581 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.12 
 
 		 584 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.73 
 
 		 585 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.65 
 
 		 585 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.54 
 
 		 583 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.75 
 
 		 583 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  43.11 
 
 		 584 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.91 
 
 		 590 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.76 
 
 		 572 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.2 
 
 		 606 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 		 605 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.26 
 
 		 580 aa  424  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 611 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  64.47 
 
 		 379 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  64.15 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  64.15 
 
 		 306 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 599 aa  385  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 		 616 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 		 616 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.7 
 
 		 613 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 		 612 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.54 
 
 		 612 aa  362  8e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 		 612 aa  360  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.19 
 
 		 613 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.08 
 
 		 613 aa  355  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.08 
 
 		 613 aa  355  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 		 615 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 594 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 594 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 		 610 aa  347  2e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.55 
 
 		 786 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.06 
 
 		 633 aa  345  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.27 
 
 		 773 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.13 
 
 		 676 aa  338  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 		 883 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 797 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 		 598 aa  334  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.31 
 
 		 637 aa  333  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 		 610 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 		 587 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 		 766 aa  330  6e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.92 
 
 		 627 aa  328  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 		 753 aa  324  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  38.81 
 
 		 409 aa  278  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 		 599 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.62 
 
 		 633 aa  255  2.0000000000000002e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.64 
 
 		 603 aa  249  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 		 594 aa  243  9e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.99 
 
 		 590 aa  232  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  40.14 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.78 
 
 		 1036 aa  221  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  45.76 
 
 		 284 aa  220  5e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.41 
 
 		 1023 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  42.42 
 
 		 475 aa  182  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.51 
 
 		 806 aa  181  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  44.59 
 
 		 254 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.66 
 
 		 351 aa  174  5e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  40.26 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.98 
 
 		 734 aa  162  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 		 565 aa  161  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 		 352 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  37.71 
 
 		 367 aa  158  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 		 437 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 		 371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.5 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.5 
 
 		 362 aa  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 		 416 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 256 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  34.69 
 
 		 340 aa  140  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.24 
 
 		 743 aa  140  7.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 343 aa  136  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 		 265 aa  134  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  36.96 
 
 		 283 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  29.21 
 
 		 413 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  34.16 
 
 		 366 aa  133  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.87 
 
 		 454 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  31.72 
 
 		 257 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  39.63 
 
 		 475 aa  130  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  35.43 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 		 265 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  33.74 
 
 		 257 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.4 
 
 		 407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  37.33 
 
 		 357 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 441 aa  128  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 848 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>