More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3242 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  100 
 
 		 283 aa  569  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  99.62 
 
 		 265 aa  528  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  93.96 
 
 		 265 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  70.28 
 
 		 259 aa  359  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  63.93 
 
 		 251 aa  325  6e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  60.49 
 
 		 257 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  60.98 
 
 		 257 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  59.77 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  57.44 
 
 		 266 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  58.92 
 
 		 254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  53.78 
 
 		 249 aa  263  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  58.09 
 
 		 259 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  46.52 
 
 		 291 aa  258  8e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  50.6 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  53.53 
 
 		 257 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  50.41 
 
 		 256 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  48.22 
 
 		 257 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  52.42 
 
 		 259 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  50 
 
 		 260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  50.41 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  56.19 
 
 		 252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  50.6 
 
 		 258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  46.22 
 
 		 253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  49.42 
 
 		 262 aa  242  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  48.37 
 
 		 255 aa  242  6e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  50.6 
 
 		 258 aa  241  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  52.82 
 
 		 253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  53.5 
 
 		 257 aa  238  8e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  46.06 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  46.06 
 
 		 246 aa  234  8e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  48.13 
 
 		 257 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 263 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  48.13 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 257 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  47.54 
 
 		 254 aa  228  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  47.3 
 
 		 257 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  51.79 
 
 		 224 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  44.81 
 
 		 259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  45.97 
 
 		 248 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  40.26 
 
 		 239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  40.16 
 
 		 352 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  39 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.19 
 
 		 351 aa  156  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  38.94 
 
 		 340 aa  156  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  41.91 
 
 		 371 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.64 
 
 		 734 aa  155  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  42.48 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  40.17 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  38.57 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.42 
 
 		 362 aa  146  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.42 
 
 		 360 aa  146  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 		 753 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 		 883 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  33.61 
 
 		 390 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.8 
 
 		 592 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.63 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 		 580 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 		 632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 		 584 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 583 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 581 aa  132  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 583 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 357 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 		 379 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 584 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.44 
 
 		 584 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  38.94 
 
 		 590 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 		 797 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  37.24 
 
 		 590 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.44 
 
 		 786 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 585 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 585 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.94 
 
 		 582 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 585 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 596 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 585 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.05 
 
 		 584 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 		 773 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 601 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 		 590 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 		 584 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 		 766 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  34.32 
 
 		 418 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  32.74 
 
 		 406 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 590 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 		 572 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.89 
 
 		 284 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.11 
 
 		 782 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.51 
 
 		 783 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  31.36 
 
 		 590 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.99 
 
 		 449 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 		 605 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 		 599 aa  116  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0606  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 593 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533599  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 610 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 633 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.61 
 
 		 475 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  34.21 
 
 		 800 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 		 402 aa  112  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>