More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2731 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 259 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  65.59 
 
 		 257 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  65.99 
 
 		 257 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  65.59 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  65.59 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  64.68 
 
 		 258 aa  345  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  52 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  48.18 
 
 		 256 aa  264  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  48.61 
 
 		 262 aa  248  6e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  46.59 
 
 		 260 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  46.84 
 
 		 254 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  46.99 
 
 		 260 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  46.89 
 
 		 263 aa  244  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  46.09 
 
 		 258 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  48.32 
 
 		 332 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  45.27 
 
 		 258 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  45.61 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  47.56 
 
 		 253 aa  234  9e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  46 
 
 		 259 aa  232  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  45.08 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  48.35 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  49.14 
 
 		 246 aa  229  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  49.14 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  46.15 
 
 		 254 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  46.72 
 
 		 256 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  45.99 
 
 		 251 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  44.96 
 
 		 257 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  44.81 
 
 		 265 aa  219  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  45.16 
 
 		 249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  45.83 
 
 		 291 aa  218  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  44.64 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  44.81 
 
 		 283 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  42.92 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  44.4 
 
 		 265 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  42.98 
 
 		 259 aa  208  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  42.92 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 248 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  43.53 
 
 		 257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  47.44 
 
 		 224 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  39.21 
 
 		 253 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.65 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.33 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  36.89 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.23 
 
 		 753 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  36.21 
 
 		 266 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 		 356 aa  137  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 		 367 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 883 aa  135  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.92 
 
 		 352 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.19 
 
 		 734 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 		 371 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  33.78 
 
 		 357 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 797 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 		 766 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 		 773 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.7 
 
 		 786 aa  123  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.86 
 
 		 592 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 605 aa  120  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 		 437 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.03 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  30.88 
 
 		 362 aa  116  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 590 aa  116  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 		 581 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  30.88 
 
 		 360 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 		 599 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  31.11 
 
 		 390 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 406 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 		 584 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 585 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 585 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 585 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 585 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 		 572 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.18 
 
 		 584 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.03 
 
 		 306 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 		 580 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 583 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 583 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 		 584 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 584 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 		 594 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 584 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 		 594 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.28 
 
 		 632 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.85 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  32.31 
 
 		 800 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.09 
 
 		 611 aa  109  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 		 443 aa  108  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.41 
 
 		 582 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  29.92 
 
 		 485 aa  108  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  29.65 
 
 		 418 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 		 633 aa  107  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.42 
 
 		 596 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  30.88 
 
 		 590 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 		 637 aa  105  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  29.51 
 
 		 454 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 		 606 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.96 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 		 800 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>