More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3438 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 265 aa  528  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  93.58 
 
 		 265 aa  497  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  93.96 
 
 		 283 aa  499  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  72.54 
 
 		 259 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  62.7 
 
 		 251 aa  318  5e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  61.38 
 
 		 257 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  61 
 
 		 257 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  56.5 
 
 		 266 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  59.68 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  58.09 
 
 		 254 aa  280  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  56.68 
 
 		 259 aa  261  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  53.69 
 
 		 257 aa  257  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  50.82 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  51.46 
 
 		 256 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  52.32 
 
 		 249 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  50.62 
 
 		 257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  52.44 
 
 		 259 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  55.46 
 
 		 252 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  52.51 
 
 		 253 aa  246  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 291 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  53.82 
 
 		 257 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  48.77 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  46.72 
 
 		 253 aa  242  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  49.19 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  50 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  49.4 
 
 		 262 aa  240  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  51 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  51 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  48.96 
 
 		 258 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 257 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 257 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  48.13 
 
 		 257 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 263 aa  230  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 257 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  43.98 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  43.98 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  46.89 
 
 		 254 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  51.35 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  44.81 
 
 		 259 aa  219  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  46.53 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  40 
 
 		 239 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  38.4 
 
 		 356 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  38.93 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.19 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 371 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  38.94 
 
 		 340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  39.41 
 
 		 266 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.73 
 
 		 734 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  41.15 
 
 		 357 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  38.12 
 
 		 367 aa  145  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31 
 
 		 362 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 		 883 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.39 
 
 		 753 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37 
 
 		 592 aa  136  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  39.06 
 
 		 590 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  34.07 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.39 
 
 		 582 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.93 
 
 		 596 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 580 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.52 
 
 		 584 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  37.17 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 		 601 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 		 632 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  37.24 
 
 		 590 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 		 581 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 583 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 583 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 584 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 585 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 585 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 585 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 585 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.75 
 
 		 584 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 		 590 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 		 797 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 584 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.9 
 
 		 584 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 		 572 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 		 786 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.55 
 
 		 782 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 		 773 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  33.9 
 
 		 418 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 		 766 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 590 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.94 
 
 		 783 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  31.78 
 
 		 590 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 		 406 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.07 
 
 		 599 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 		 605 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 		 449 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  34.65 
 
 		 800 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  35.14 
 
 		 603 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 		 402 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  31.15 
 
 		 568 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  31.47 
 
 		 567 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  31.47 
 
 		 567 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>