More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0171 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0171  EAL  100 
 
 		 260 aa  543  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  94.98 
 
 		 260 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  72.97 
 
 		 259 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  59.26 
 
 		 263 aa  315  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  61.22 
 
 		 258 aa  311  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  60.41 
 
 		 258 aa  309  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  57.2 
 
 		 256 aa  291  8e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  56.91 
 
 		 254 aa  286  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  55.1 
 
 		 266 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  57.14 
 
 		 332 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  53.91 
 
 		 257 aa  275  5e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  51.39 
 
 		 255 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  53.97 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  54.8 
 
 		 259 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  52.48 
 
 		 257 aa  261  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  48.97 
 
 		 253 aa  256  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  52.1 
 
 		 257 aa  248  6e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  50.42 
 
 		 246 aa  248  8e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  46.59 
 
 		 259 aa  247  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  51.67 
 
 		 257 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  50.42 
 
 		 246 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  49.38 
 
 		 249 aa  246  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 		 262 aa  244  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  50.41 
 
 		 283 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  50.21 
 
 		 259 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 		 265 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  49.4 
 
 		 291 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  48.64 
 
 		 257 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 		 265 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  52.65 
 
 		 252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  50.83 
 
 		 251 aa  239  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  44.76 
 
 		 258 aa  235  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  44.35 
 
 		 257 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  44.53 
 
 		 257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  44.13 
 
 		 257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  44.13 
 
 		 257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  48.33 
 
 		 253 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  46.61 
 
 		 248 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  51.36 
 
 		 224 aa  218  7e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  41.1 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  37.45 
 
 		 356 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.44 
 
 		 351 aa  171  9e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  40.45 
 
 		 367 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 357 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.12 
 
 		 734 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  38.29 
 
 		 340 aa  158  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 		 352 aa  154  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 406 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  35.34 
 
 		 266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  33.92 
 
 		 390 aa  149  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  36.68 
 
 		 418 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 371 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 		 753 aa  143  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.9 
 
 		 797 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.78 
 
 		 773 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  33.33 
 
 		 360 aa  136  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  33.33 
 
 		 362 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 		 883 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 		 475 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.88 
 
 		 403 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.57 
 
 		 632 aa  132  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 		 766 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 		 581 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  33.06 
 
 		 403 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  33.06 
 
 		 403 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 605 aa  128  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 		 403 aa  126  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.65 
 
 		 403 aa  126  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 		 403 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.65 
 
 		 403 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 		 633 aa  126  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 		 584 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 		 572 aa  123  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 		 590 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 		 357 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.53 
 
 		 592 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 		 361 aa  122  8e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 		 590 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 		 780 aa  122  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.64 
 
 		 584 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 		 786 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.33 
 
 		 584 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.89 
 
 		 599 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 		 583 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 		 583 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 		 584 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.05 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 		 584 aa  118  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 		 437 aa  118  9e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  31.8 
 
 		 590 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.59 
 
 		 580 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 		 585 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 		 585 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 		 585 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 		 585 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5899  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 918 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 		 806 aa  116  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>