More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0555 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.6 
 
 		 585 aa  1094    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  95.89 
 
 		 584 aa  1151    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 		 585 aa  1092    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.66 
 
 		 572 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.04 
 
 		 580 aa  779    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.67 
 
 		 584 aa  1107    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.32 
 
 		 590 aa  764    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 		 585 aa  1071    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 		 585 aa  1092    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 583 aa  1203    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.49 
 
 		 583 aa  1196    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.47 
 
 		 581 aa  812    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.09 
 
 		 584 aa  1139    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  69.69 
 
 		 584 aa  815    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.39 
 
 		 590 aa  511  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.98 
 
 		 584 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  44.19 
 
 		 582 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  43.33 
 
 		 601 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  42.43 
 
 		 590 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  42.61 
 
 		 590 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.81 
 
 		 596 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.64 
 
 		 592 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.68 
 
 		 632 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.93 
 
 		 599 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 		 606 aa  401  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.83 
 
 		 605 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 		 611 aa  372  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.36 
 
 		 773 aa  334  3e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 		 637 aa  333  7.000000000000001e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 		 616 aa  329  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 		 616 aa  329  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 		 594 aa  329  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 		 594 aa  329  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 		 753 aa  327  3e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 610 aa  326  8.000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.36 
 
 		 786 aa  323  4e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 		 598 aa  323  5e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  42.51 
 
 		 409 aa  323  8e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.73 
 
 		 612 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 		 633 aa  322  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 		 627 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 		 615 aa  320  6e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.84 
 
 		 883 aa  319  1e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 797 aa  318  2e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 		 612 aa  316  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 		 612 aa  316  8e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 		 613 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 		 613 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 		 610 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 		 587 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 		 613 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.98 
 
 		 613 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 		 766 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 		 676 aa  294  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  53.01 
 
 		 306 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  53.88 
 
 		 379 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  54.17 
 
 		 357 aa  273  9e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 		 599 aa  239  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.25 
 
 		 633 aa  238  3e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.37 
 
 		 1036 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.75 
 
 		 590 aa  234  3e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  48.32 
 
 		 284 aa  232  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.24 
 
 		 603 aa  225  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.73 
 
 		 1023 aa  213  7.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  43.22 
 
 		 475 aa  208  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 353 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.38 
 
 		 806 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.19 
 
 		 351 aa  171  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  37.93 
 
 		 437 aa  170  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.31 
 
 		 565 aa  167  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.67 
 
 		 734 aa  161  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  37.05 
 
 		 254 aa  160  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 		 594 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  36.1 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.65 
 
 		 362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.65 
 
 		 360 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.37 
 
 		 254 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  34.69 
 
 		 413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  36.51 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  36.07 
 
 		 371 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  32.33 
 
 		 340 aa  137  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 		 352 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.72 
 
 		 256 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.48 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 		 255 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 		 251 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  32.86 
 
 		 428 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 864 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 		 265 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  32.86 
 
 		 428 aa  132  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 		 447 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  35.17 
 
 		 291 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 		 423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  31.12 
 
 		 428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 310 aa  130  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2573  RNase II stability modulator  33.2 
 
 		 667 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 		 259 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.05 
 
 		 265 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 		 431 aa  128  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>