More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0567 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  62.61 
 
 
603 aa  780    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
599 aa  1216    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  37.92 
 
 
590 aa  361  2e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
594 aa  323  6e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.39 
 
 
592 aa  277  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 
596 aa  269  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
584 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.46 
 
 
590 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.07 
 
 
601 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  32.11 
 
 
590 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.22 
 
 
797 aa  259  8e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.27 
 
 
883 aa  256  7e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.68 
 
 
766 aa  253  6e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.77 
 
 
582 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
590 aa  253  9.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
753 aa  253  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
581 aa  250  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
572 aa  248  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
585 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
599 aa  242  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
590 aa  242  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.84 
 
 
585 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
605 aa  240  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.84 
 
 
585 aa  240  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.06 
 
 
584 aa  239  9e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.97 
 
 
584 aa  238  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.4 
 
 
584 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 
632 aa  235  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.55 
 
 
786 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.24 
 
 
584 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
585 aa  232  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 
580 aa  231  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 
583 aa  230  4e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.88 
 
 
583 aa  229  9e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.44 
 
 
613 aa  228  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
616 aa  227  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
611 aa  226  9e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 
616 aa  225  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.19 
 
 
613 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.19 
 
 
613 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.16 
 
 
612 aa  220  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 
606 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.19 
 
 
615 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.48 
 
 
627 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.16 
 
 
612 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.09 
 
 
612 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.05 
 
 
613 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
594 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
594 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.52 
 
 
633 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
637 aa  210  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.16 
 
 
1036 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
587 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
610 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
610 aa  207  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
676 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.06 
 
 
633 aa  202  9.999999999999999e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 
598 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
773 aa  198  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.69 
 
 
1023 aa  198  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  28.93 
 
 
409 aa  150  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  36.4 
 
 
284 aa  140  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 
806 aa  139  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 
403 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 
306 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 
357 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  36.2 
 
 
254 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.04 
 
 
1486 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 
379 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_004310  BR0481  sensory box protein  35.84 
 
 
964 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166858  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0486  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 
964 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.58 
 
 
1209 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.58 
 
 
1209 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
699 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  35.2 
 
 
416 aa  126  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
565 aa  126  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.56 
 
 
965 aa  126  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2182  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
768 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00065  GGDEF/EAL domain protein  32.17 
 
 
814 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.03 
 
 
1228 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  36.32 
 
 
249 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00384  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  34.98 
 
 
705 aa  124  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.589781  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  27.41 
 
 
818 aa  124  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
776 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  34.19 
 
 
1502 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
815 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.29 
 
 
1064 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0521  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.51 
 
 
685 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.799608 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06253  sensory transduction protein kinase  31.6 
 
 
763 aa  121  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0891  GGDEF family protein  34.62 
 
 
433 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331841  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0875  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 
578 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.180808 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2326  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 
760 aa  122  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.868867  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 
569 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 
715 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  32.13 
 
 
1141 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0550  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.67 
 
 
595 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3272  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.46 
 
 
404 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00166163  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
701 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8060  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  34.32 
 
 
870 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>