More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4726 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
676 aa  1376    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.95 
 
 
594 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.95 
 
 
594 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50 
 
 
615 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50 
 
 
612 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.19 
 
 
612 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50 
 
 
613 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.02 
 
 
612 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50 
 
 
613 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.58 
 
 
616 aa  551  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.38 
 
 
613 aa  545  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.75 
 
 
613 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.41 
 
 
616 aa  544  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.97 
 
 
610 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.97 
 
 
587 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
598 aa  445  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.38 
 
 
637 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.1 
 
 
610 aa  422  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.93 
 
 
633 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.36 
 
 
627 aa  408  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.22 
 
 
606 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.35 
 
 
611 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.94 
 
 
590 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.56 
 
 
590 aa  345  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
596 aa  345  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.13 
 
 
584 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
632 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.83 
 
 
592 aa  325  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.56 
 
 
601 aa  320  7e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.18 
 
 
590 aa  318  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.84 
 
 
582 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
581 aa  296  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.25 
 
 
584 aa  295  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.92 
 
 
584 aa  291  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.81 
 
 
584 aa  289  9e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.18 
 
 
584 aa  289  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 
585 aa  287  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.46 
 
 
585 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 
583 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 
583 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.46 
 
 
585 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
585 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 
605 aa  281  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.76 
 
 
572 aa  279  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.64 
 
 
590 aa  270  8e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.54 
 
 
773 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 
580 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
599 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.18 
 
 
797 aa  251  3e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.46 
 
 
753 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.19 
 
 
883 aa  242  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
766 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 
786 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  35.87 
 
 
353 aa  210  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.27 
 
 
603 aa  206  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
599 aa  204  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.19 
 
 
1023 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  64.93 
 
 
245 aa  186  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.66 
 
 
633 aa  187  8e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.74 
 
 
1036 aa  186  9e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  28.74 
 
 
409 aa  184  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
594 aa  171  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  40.25 
 
 
254 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  23.82 
 
 
590 aa  167  5e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.94 
 
 
806 aa  157  6e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 
565 aa  154  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.24 
 
 
379 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 
306 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 
357 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.79 
 
 
475 aa  145  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.8 
 
 
437 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.44 
 
 
594 aa  123  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.2 
 
 
284 aa  122  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.34 
 
 
351 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 
385 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
356 aa  118  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
432 aa  115  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 
410 aa  114  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.47 
 
 
703 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
403 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.89 
 
 
239 aa  112  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
454 aa  110  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 
263 aa  110  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.62 
 
 
409 aa  110  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 
255 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
722 aa  109  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0891  GGDEF family protein  32.77 
 
 
433 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331841  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
454 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.76 
 
 
710 aa  108  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
256 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
413 aa  108  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
446 aa  108  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 
340 aa  108  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  30.87 
 
 
413 aa  108  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.9 
 
 
943 aa  107  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
454 aa  108  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.617113  normal  0.576496 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  36.64 
 
 
475 aa  107  7e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 
266 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1108  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
596 aa  107  8e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0147764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>