More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03683 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  100 
 
 
245 aa  499  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.95 
 
 
594 aa  255  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.95 
 
 
594 aa  255  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.65 
 
 
616 aa  214  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.65 
 
 
616 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.35 
 
 
613 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.8 
 
 
612 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.19 
 
 
612 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.58 
 
 
612 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.96 
 
 
615 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.35 
 
 
613 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.96 
 
 
613 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.96 
 
 
613 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.9 
 
 
676 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.16 
 
 
610 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.16 
 
 
633 aa  186  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.71 
 
 
587 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.71 
 
 
610 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.14 
 
 
637 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.97 
 
 
598 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.48 
 
 
627 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
353 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.88 
 
 
606 aa  142  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.81 
 
 
632 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
596 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.85 
 
 
611 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
599 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 
601 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 
592 aa  118  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 
590 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  39.55 
 
 
582 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
584 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.03 
 
 
590 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.76 
 
 
590 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.76 
 
 
581 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
446 aa  99.8  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.78 
 
 
605 aa  99  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  35 
 
 
439 aa  95.9  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
580 aa  95.1  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
572 aa  94.7  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.62 
 
 
353 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.88 
 
 
590 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 
312 aa  92.4  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
438 aa  92.8  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  33.14 
 
 
446 aa  92.4  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.85 
 
 
441 aa  92  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.09 
 
 
583 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.94 
 
 
319 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.29 
 
 
584 aa  90.1  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  30.3 
 
 
584 aa  89.4  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
583 aa  88.6  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
443 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
585 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
585 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.87 
 
 
552 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
443 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
585 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  31.21 
 
 
441 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.83 
 
 
318 aa  86.3  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 
308 aa  85.1  9e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  29.94 
 
 
436 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 
585 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 
584 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  32.52 
 
 
462 aa  84  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  31.55 
 
 
1111 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  33.8 
 
 
603 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  31.06 
 
 
442 aa  81.6  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
373 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  29.3 
 
 
442 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.13 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.82 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 
594 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 
1131 aa  79  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  34.45 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
633 aa  76.6  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
786 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
599 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
773 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.78 
 
 
322 aa  75.5  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
766 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.33 
 
 
1036 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.26 
 
 
753 aa  72.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.41 
 
 
1023 aa  72.4  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.95 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
797 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  29.87 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.33 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.35 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.85 
 
 
883 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.43 
 
 
412 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.47 
 
 
806 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  26.32 
 
 
590 aa  63.9  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  25.68 
 
 
343 aa  60.5  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.28 
 
 
312 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  30.94 
 
 
516 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  24.67 
 
 
278 aa  60.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 
1327 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.74 
 
 
297 aa  60.1  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>