More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1906 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
410 aa  817    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  48.59 
 
 
485 aa  350  2e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  47.93 
 
 
475 aa  344  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  54.25 
 
 
375 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  49.78 
 
 
402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  45.45 
 
 
352 aa  219  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  43.43 
 
 
454 aa  209  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.37 
 
 
419 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.44 
 
 
419 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  42.61 
 
 
447 aa  187  4e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  47.6 
 
 
407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  39.37 
 
 
429 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  45.97 
 
 
409 aa  183  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  45.81 
 
 
385 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.6 
 
 
710 aa  182  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  41.99 
 
 
413 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.26 
 
 
703 aa  177  4e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  41.15 
 
 
425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  43.19 
 
 
403 aa  169  8e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  42.99 
 
 
432 aa  168  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.25 
 
 
447 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.36 
 
 
750 aa  159  8e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.68 
 
 
422 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  40.91 
 
 
442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 
883 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.97 
 
 
786 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  41.78 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  38.14 
 
 
582 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
766 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  38.2 
 
 
306 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.95 
 
 
601 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 
379 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.86 
 
 
357 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  39.62 
 
 
453 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
753 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.74 
 
 
797 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  36.7 
 
 
443 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 
592 aa  141  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 
616 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
616 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
580 aa  136  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.55 
 
 
584 aa  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.79 
 
 
411 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
456 aa  136  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.08 
 
 
475 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
596 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
611 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
773 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.92 
 
 
584 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.45 
 
 
606 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
581 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
613 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 
378 aa  133  5e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.55 
 
 
612 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
612 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  36.2 
 
 
340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.51 
 
 
284 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
583 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.13 
 
 
590 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
583 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
378 aa  129  7.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
590 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
372 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.12 
 
 
612 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  39.9 
 
 
244 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
615 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
590 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.68 
 
 
613 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
526 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.4 
 
 
536 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
584 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.04 
 
 
827 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0051075  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 
1034 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 
585 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 
585 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 
585 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 
585 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
584 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1394  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
924 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.640211  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.29 
 
 
590 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.36 
 
 
584 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  36.05 
 
 
392 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  27.94 
 
 
433 aa  125  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  31.38 
 
 
437 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  31.92 
 
 
481 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
535 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 
785 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
475 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.8 
 
 
772 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.73 
 
 
946 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 
736 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
878 aa  123  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.47 
 
 
981 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.63 
 
 
699 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
515 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3768  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.62 
 
 
765 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661883  normal  0.152244 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 
884 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 
541 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>