More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3854 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
375 aa  753    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  63.18 
 
 
475 aa  298  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  47.55 
 
 
352 aa  295  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  54.25 
 
 
410 aa  243  3e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  46.44 
 
 
485 aa  239  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  46.25 
 
 
402 aa  196  7e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  45.49 
 
 
454 aa  192  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  39.82 
 
 
429 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.77 
 
 
419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  41.45 
 
 
447 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.89 
 
 
419 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.55 
 
 
385 aa  162  9e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
432 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  39.37 
 
 
425 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.83 
 
 
710 aa  155  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.93 
 
 
413 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.41 
 
 
407 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.12 
 
 
750 aa  148  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.5 
 
 
403 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.4 
 
 
447 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.78 
 
 
703 aa  142  7e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.79 
 
 
409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  41.75 
 
 
442 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.89 
 
 
611 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.27 
 
 
422 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39 
 
 
411 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  37.9 
 
 
372 aa  125  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
883 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.47 
 
 
475 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  37.05 
 
 
456 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
606 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  36.22 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  35.15 
 
 
443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
378 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
250 aa  119  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  34.03 
 
 
475 aa  119  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
797 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.51 
 
 
786 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.9 
 
 
590 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
590 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
753 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.05 
 
 
590 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
612 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
766 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.79 
 
 
437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.45 
 
 
580 aa  113  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
366 aa  113  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
613 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  29.87 
 
 
284 aa  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
613 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
613 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
615 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.87 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.48 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  30.29 
 
 
392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.91 
 
 
582 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.06 
 
 
254 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
378 aa  110  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.91 
 
 
601 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 
581 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.74 
 
 
584 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
612 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.29 
 
 
584 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
585 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
585 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
585 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.47 
 
 
773 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
585 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
596 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
584 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
613 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
583 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
583 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.07 
 
 
590 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.92 
 
 
632 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
612 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
584 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.72 
 
 
351 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  25.1 
 
 
433 aa  106  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 
868 aa  106  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  37.33 
 
 
362 aa  106  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3594  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  33.94 
 
 
404 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0242855  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  28.51 
 
 
481 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  28.51 
 
 
567 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  28.51 
 
 
567 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  28.51 
 
 
567 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  28.21 
 
 
568 aa  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  28.51 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 
382 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  28.51 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  28.21 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  28.63 
 
 
567 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  32.05 
 
 
592 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
378 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 
523 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.73 
 
 
572 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 
794 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 
567 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.52 
 
 
599 aa  103  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>