More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1402 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 372 aa  707    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 		 475 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.21 
 
 		 402 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  42.08 
 
 		 456 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  41.63 
 
 		 366 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  43.04 
 
 		 362 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  42.27 
 
 		 453 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  38.82 
 
 		 382 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  37.21 
 
 		 443 aa  127  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.59 
 
 		 407 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 		 786 aa  125  9e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.83 
 
 		 797 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.32 
 
 		 409 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.11 
 
 		 750 aa  123  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 403 aa  122  8e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 		 485 aa  122  9e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.48 
 
 		 773 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 		 633 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.38 
 
 		 411 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.39 
 
 		 419 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  30.4 
 
 		 246 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.39 
 
 		 419 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.98 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.16 
 
 		 710 aa  117  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  30.45 
 
 		 246 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  37.9 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 		 378 aa  117  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.44 
 
 		 753 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.65 
 
 		 590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 		 475 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  35.55 
 
 		 447 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 		 429 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  38.53 
 
 		 259 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.91 
 
 		 447 aa  113  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 592 aa  113  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.6 
 
 		 883 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  32.9 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 		 251 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.01 
 
 		 283 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  30.49 
 
 		 253 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  37.99 
 
 		 265 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 		 703 aa  110  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  39.13 
 
 		 265 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.9 
 
 		 239 aa  109  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  29.73 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  30.62 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.27 
 
 		 598 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 		 632 aa  107  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.19 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 		 572 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.61 
 
 		 580 aa  107  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 		 599 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 		 584 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 		 581 aa  107  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 		 392 aa  106  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.23 
 
 		 409 aa  106  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 		 378 aa  105  9e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 		 254 aa  105  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  37.12 
 
 		 332 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 584 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  26.89 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 		 605 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 		 766 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 		 256 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.53 
 
 		 601 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.07 
 
 		 596 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.2 
 
 		 379 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 584 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 447 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  34.05 
 
 		 340 aa  102  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  31.78 
 
 		 357 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.91 
 
 		 590 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  31.49 
 
 		 260 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  25.73 
 
 		 433 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  30.04 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  32.3 
 
 		 426 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  34.75 
 
 		 252 aa  101  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.78 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.04 
 
 		 590 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 		 437 aa  100  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 266 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.94 
 
 		 859 aa  99.8  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 		 424 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.08 
 
 		 582 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  34.26 
 
 		 442 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 590 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 		 426 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 		 426 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  34.05 
 
 		 423 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 		 612 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 		 864 aa  98.2  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>