More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1061 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
454 aa  920    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  50.98 
 
 
419 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  50.99 
 
 
419 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  49.2 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  41.77 
 
 
413 aa  320  3e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  41.88 
 
 
429 aa  315  9e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.92 
 
 
409 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.99 
 
 
750 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.68 
 
 
407 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.66 
 
 
703 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.11 
 
 
710 aa  252  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 
403 aa  232  8.000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.95 
 
 
447 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  47.01 
 
 
402 aa  223  6e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  38.48 
 
 
442 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.65 
 
 
475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  45.53 
 
 
475 aa  204  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  42.91 
 
 
485 aa  202  7e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  43.43 
 
 
410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.36 
 
 
411 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.77 
 
 
422 aa  184  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  41.7 
 
 
385 aa  183  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  45.49 
 
 
375 aa  180  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  34.85 
 
 
447 aa  171  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  39.66 
 
 
352 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.53 
 
 
753 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  39.15 
 
 
443 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
883 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  40.83 
 
 
366 aa  143  6e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.82 
 
 
256 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
456 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.09 
 
 
306 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 
601 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.94 
 
 
596 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.77 
 
 
582 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  37.23 
 
 
378 aa  136  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.22 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
453 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
526 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 
357 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.16 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
797 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
773 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
606 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  37.84 
 
 
475 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.52 
 
 
766 aa  132  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.87 
 
 
584 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.47 
 
 
627 aa  130  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.533344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.14 
 
 
590 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.94 
 
 
592 aa  129  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
581 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  36.77 
 
 
332 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
786 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 
362 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  34.68 
 
 
590 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 
584 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.88 
 
 
536 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
615 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 
580 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.33 
 
 
612 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
613 aa  124  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  38.99 
 
 
378 aa  123  5e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
613 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  34.12 
 
 
392 aa  123  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37690  putative sensory box protein  32.33 
 
 
864 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0535605 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
613 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00384  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  36.49 
 
 
705 aa  123  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.589781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.37 
 
 
717 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  36.92 
 
 
250 aa  123  8e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.89 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.37 
 
 
776 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  34.27 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
785 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
616 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
583 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
583 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3221  sensory box-containing diguanylate cyclase  32.7 
 
 
858 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0496  putative diguanylate phosphodiesterase  31.35 
 
 
767 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.96 
 
 
409 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.56 
 
 
584 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.51 
 
 
878 aa  121  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
861 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.329613  normal  0.598513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
584 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.2 
 
 
777 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
705 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1154  sensory box protein  31.01 
 
 
861 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369215  normal  0.176732 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
620 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
584 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
616 aa  120  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 
259 aa  120  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1912  diguanylate phosphodiesterase  34.33 
 
 
554 aa  120  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.390837  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.95 
 
 
960 aa  120  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.44 
 
 
761 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
632 aa  120  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  27.78 
 
 
433 aa  119  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.2 
 
 
723 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
585 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>