More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1803 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 382 aa  734    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  40.23 
 
 		 378 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  42.13 
 
 		 362 aa  190  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  40.48 
 
 		 378 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 		 456 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  43.64 
 
 		 443 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 		 392 aa  173  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  36.66 
 
 		 366 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 		 453 aa  159  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.16 
 
 		 409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.99 
 
 		 883 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 		 403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 		 432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.98 
 
 		 710 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  38.82 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  43.41 
 
 		 244 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 		 797 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.63 
 
 		 447 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.17 
 
 		 703 aa  124  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.11 
 
 		 454 aa  122  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 		 606 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 		 766 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.8 
 
 		 753 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  40.26 
 
 		 378 aa  120  6e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.62 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 		 773 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.82 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  36.19 
 
 		 447 aa  117  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  33.02 
 
 		 485 aa  116  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 		 584 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 601 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.09 
 
 		 582 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.91 
 
 		 750 aa  112  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.11 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  29.36 
 
 		 255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 		 806 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  33.96 
 
 		 475 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.32 
 
 		 584 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  30.52 
 
 		 429 aa  110  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 580 aa  110  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.87 
 
 		 590 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.87 
 
 		 596 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 		 786 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  33.18 
 
 		 249 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.63 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.07 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  32.75 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.62 
 
 		 605 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  37.17 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  36.28 
 
 		 250 aa  106  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 		 437 aa  106  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.43 
 
 		 590 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  32.22 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 		 590 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2075  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  29.88 
 
 		 1004 aa  105  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  29.22 
 
 		 256 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.2 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 		 265 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 583 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.51 
 
 		 254 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 		 590 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.83 
 
 		 239 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 		 265 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  32.3 
 
 		 259 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  29.13 
 
 		 256 aa  103  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 583 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.68 
 
 		 592 aa  102  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.09 
 
 		 407 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  29.82 
 
 		 584 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 585 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 584 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 585 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 		 254 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 585 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 585 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.82 
 
 		 581 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 		 632 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 641 aa  100  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 		 584 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 		 375 aa  99.8  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2992  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 387 aa  99.4  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  28.44 
 
 		 257 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  28.44 
 
 		 257 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  32.89 
 
 		 410 aa  99  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  27.48 
 
 		 258 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  27.68 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 		 572 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  34.03 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 		 475 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  27.68 
 
 		 360 aa  97.4  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  34.93 
 
 		 387 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  26.08 
 
 		 814 aa  97.1  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  29.22 
 
 		 258 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.36 
 
 		 1076 aa  96.7  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 		 387 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>