More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3972 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 387 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  78.29 
 
 		 387 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0940  diguanylate phosphodiesterase  28.61 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1819  diguanylate phosphodiesterase  26.95 
 
 		 405 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3818  diguanylate phosphodiesterase  26.79 
 
 		 405 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2691  diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  30.13 
 
 		 428 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  29.62 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  29.62 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  29.62 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3899  EAL-domain-containing protein  24.49 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3731  EAL-domain-containing protein  24.49 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3747  EAL-domain-containing protein  24.49 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4006  EAL-domain protein  24.49 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4111  EAL-domain protein  24.49 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4039  EAL-domain-containing protein  24.49 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.508038  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4203  EAL-domain-containing protein  24.49 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.379621  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  27.92 
 
 		 428 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4094  EAL-domain protein  24.24 
 
 		 405 aa  125  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1146  EAL-domain protein  24.24 
 
 		 405 aa  125  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  29.23 
 
 		 441 aa  123  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  29.11 
 
 		 428 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  29.24 
 
 		 429 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  31.12 
 
 		 423 aa  119  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  30.24 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 		 780 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  28.35 
 
 		 427 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 		 773 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 		 777 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  28.54 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  29.39 
 
 		 422 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.05 
 
 		 239 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.18 
 
 		 464 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.18 
 
 		 464 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  29.18 
 
 		 515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.49 
 
 		 790 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  29.6 
 
 		 416 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  29.55 
 
 		 429 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  29.1 
 
 		 419 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  27.44 
 
 		 426 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.17 
 
 		 409 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  27.07 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  26.84 
 
 		 403 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  30.17 
 
 		 528 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  28.01 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 		 653 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  26.58 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  30.22 
 
 		 818 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  27.58 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  27.96 
 
 		 431 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  26.58 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  27.37 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.03 
 
 		 783 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.23 
 
 		 806 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.74 
 
 		 528 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  27.32 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  32.33 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  29.15 
 
 		 263 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.7 
 
 		 528 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  26.13 
 
 		 396 aa  103  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.72 
 
 		 516 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.72 
 
 		 533 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.72 
 
 		 533 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 442 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.09 
 
 		 447 aa  102  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.86 
 
 		 533 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  32.46 
 
 		 390 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  24.62 
 
 		 413 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  30.77 
 
 		 528 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.28 
 
 		 533 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  30.04 
 
 		 259 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  33.48 
 
 		 530 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  27.62 
 
 		 426 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  27.62 
 
 		 426 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.65 
 
 		 782 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0954  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 		 657 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.552407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.93 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.39 
 
 		 516 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  33.9 
 
 		 800 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 		 766 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 246 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.92 
 
 		 1034 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 		 657 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.293747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 		 753 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.27 
 
 		 734 aa  100  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 		 432 aa  100  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2835  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.61 
 
 		 613 aa  100  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  26.46 
 
 		 424 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.17 
 
 		 710 aa  99.8  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>