More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2441 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 443 aa  848    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  48.55 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  41.55 
 
 		 362 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  36.25 
 
 		 456 aa  193  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.82 
 
 		 378 aa  188  2e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  41.16 
 
 		 453 aa  178  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  43.46 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  47.47 
 
 		 366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  49.07 
 
 		 244 aa  156  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  34.77 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  38.07 
 
 		 378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  41.74 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.36 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  39.15 
 
 		 454 aa  143  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.43 
 
 		 409 aa  143  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  37.98 
 
 		 403 aa  141  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  38.53 
 
 		 432 aa  137  5e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.43 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 		 447 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.99 
 
 		 710 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.38 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.43 
 
 		 413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 		 429 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  36.99 
 
 		 485 aa  130  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 		 753 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.91 
 
 		 703 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 		 410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  37.21 
 
 		 372 aa  127  5e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.24 
 
 		 447 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  35.34 
 
 		 352 aa  125  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  40.71 
 
 		 475 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.5 
 
 		 883 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.4 
 
 		 750 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 		 425 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 773 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  35.15 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 		 611 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.55 
 
 		 422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 		 766 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 		 632 aa  116  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 		 606 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.04 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 262 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.85 
 
 		 605 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 		 797 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 		 250 aa  113  8.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.3 
 
 		 284 aa  113  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  31.36 
 
 		 256 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.35 
 
 		 584 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 		 592 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.45 
 
 		 265 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.8 
 
 		 584 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 		 583 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 		 786 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 		 583 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 		 285 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 		 584 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  35.29 
 
 		 283 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 258 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 		 590 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  38.52 
 
 		 379 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 		 590 aa  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 254 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.16 
 
 		 570 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0707223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 		 581 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 		 259 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  38.43 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.58 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.14 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 		 584 aa  107  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.36 
 
 		 582 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 		 585 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 		 585 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  35.53 
 
 		 340 aa  106  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 		 442 aa  106  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1152  RNase II stability modulator  33.71 
 
 		 667 aa  106  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.584939 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5122  RNase II stability modulator  35.66 
 
 		 667 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0232161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 		 584 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 		 585 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 		 585 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.43 
 
 		 743 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 		 265 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 		 580 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 		 257 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.9 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  28.22 
 
 		 255 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 		 257 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 		 257 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  29.58 
 
 		 263 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  37.05 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3045  sensory box/GGDEF family protein  34.55 
 
 		 367 aa  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  32.61 
 
 		 249 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.04 
 
 		 590 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3462  RNase II stability modulator  35.66 
 
 		 667 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.347087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.66 
 
 		 1101 aa  103  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.8 
 
 		 409 aa  103  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  34.63 
 
 		 847 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.25 
 
 		 256 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2573  RNase II stability modulator  36.05 
 
 		 667 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>