More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3883 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
442 aa  869    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  49.28 
 
 
447 aa  323  3e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  42.82 
 
 
432 aa  280  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  42.13 
 
 
403 aa  272  9e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.52 
 
 
475 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  38.62 
 
 
425 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  43.11 
 
 
411 aa  247  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  38.61 
 
 
454 aa  237  3e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.78 
 
 
413 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.79 
 
 
703 aa  226  8e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.12 
 
 
419 aa  220  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  33.68 
 
 
429 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.88 
 
 
419 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.71 
 
 
750 aa  209  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.75 
 
 
409 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.79 
 
 
710 aa  206  9e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.11 
 
 
402 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.62 
 
 
407 aa  191  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.37 
 
 
422 aa  184  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  43.91 
 
 
485 aa  180  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  39.3 
 
 
385 aa  169  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  42.41 
 
 
475 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  40.79 
 
 
410 aa  159  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 
352 aa  159  9e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  41.7 
 
 
375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  36.76 
 
 
447 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
773 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 
753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
632 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.33 
 
 
606 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
883 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 
366 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
594 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
594 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
613 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  37.09 
 
 
456 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  27.07 
 
 
433 aa  118  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
766 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
786 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.11 
 
 
615 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  40.37 
 
 
378 aa  114  3e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  26.75 
 
 
931 aa  114  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.06 
 
 
541 aa  114  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 
475 aa  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.88 
 
 
612 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  36.24 
 
 
453 aa  113  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.72 
 
 
613 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.72 
 
 
613 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 
262 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.33 
 
 
582 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.4 
 
 
612 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  36.28 
 
 
283 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  33.78 
 
 
254 aa  111  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.4 
 
 
612 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.9 
 
 
596 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.19 
 
 
902 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.19 
 
 
887 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  38.97 
 
 
362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 
437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
526 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
616 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
535 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.62 
 
 
351 aa  109  8.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 
379 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
372 aa  109  1e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.24 
 
 
584 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 
536 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
613 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
797 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  34.06 
 
 
239 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.03 
 
 
357 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
590 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  32.03 
 
 
592 aa  108  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  31.94 
 
 
256 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
265 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 
332 aa  107  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  35.84 
 
 
265 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.79 
 
 
590 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.92 
 
 
677 aa  106  7e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
306 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  34.51 
 
 
251 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  33.77 
 
 
257 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.78 
 
 
590 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  31.84 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  31.84 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  31.84 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  31.84 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.27 
 
 
584 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3955  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 
895 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.67 
 
 
567 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31 
 
 
1034 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  31.84 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.79 
 
 
736 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
742 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
616 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.85 
 
 
806 aa  104  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.865886  normal  0.0522815 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.03 
 
 
601 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
266 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>