More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2139 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
403 aa  795    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  58.88 
 
 
432 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  57.07 
 
 
411 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  47.38 
 
 
422 aa  341  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.21 
 
 
447 aa  280  4e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.87 
 
 
475 aa  262  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  42.08 
 
 
442 aa  248  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.47 
 
 
703 aa  242  7e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.48 
 
 
413 aa  241  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  36.76 
 
 
425 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.03 
 
 
710 aa  233  6e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 
454 aa  232  7.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.67 
 
 
750 aa  232  8.000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.04 
 
 
409 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.51 
 
 
419 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.51 
 
 
419 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 
429 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.76 
 
 
407 aa  177  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  41.38 
 
 
402 aa  177  4e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  41.45 
 
 
447 aa  172  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  43.19 
 
 
410 aa  164  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  39.31 
 
 
385 aa  162  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.89 
 
 
475 aa  160  4e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 
485 aa  147  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  40.72 
 
 
378 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  38.5 
 
 
375 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  40.37 
 
 
366 aa  136  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 
456 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  38.91 
 
 
362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
753 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.02 
 
 
590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  35.75 
 
 
378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 
453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  36.56 
 
 
392 aa  127  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
352 aa  125  9e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.89 
 
 
883 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.86 
 
 
437 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
372 aa  122  9e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.26 
 
 
773 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 
475 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
797 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  30.06 
 
 
442 aa  119  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.08 
 
 
786 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
526 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  35.16 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 
535 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  37.86 
 
 
244 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 
632 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  34.72 
 
 
250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
878 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.41 
 
 
599 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  24.68 
 
 
433 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.47 
 
 
1034 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
676 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.94 
 
 
766 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  31.42 
 
 
256 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 
254 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
610 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
613 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0369  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
600 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136895  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0819  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.36 
 
 
793 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00766455  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
633 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
616 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  30.43 
 
 
800 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
536 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
616 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.91 
 
 
554 aa  110  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
627 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
611 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
785 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
379 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.32 
 
 
633 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
357 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.86 
 
 
1021 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
893 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  30.87 
 
 
256 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  31.17 
 
 
823 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.51 
 
 
283 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  30.58 
 
 
356 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  32.59 
 
 
249 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.64 
 
 
711 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 
706 aa  107  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
743 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.51 
 
 
265 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
637 aa  106  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
818 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1912  diguanylate phosphodiesterase  30.28 
 
 
554 aa  106  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.390837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.28 
 
 
947 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7641  hypothetical protein  32.9 
 
 
655 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.03 
 
 
652 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1331  diguanylate cyclase  30.04 
 
 
811 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.894809  normal  0.828271 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.04 
 
 
811 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308961  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.03 
 
 
652 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6177  diguanylate phosphodiesterase  33.2 
 
 
333 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000183664  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6186  diguanylate phosphodiesterase  33.2 
 
 
329 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0493195  hitchhiker  0.0000013471 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.88 
 
 
239 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>